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标题: MMGBSA 去溶剂复合体的prmtop文件有问题怎么解决，请大神帮助 [打印本页]

作者
Author: zkzk 时间: 2019-10-24 09:10
标题: MMGBSA 去溶剂复合体的prmtop文件有问题怎么解决，请大神帮助
File "/opt/amber16/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 157, in run self.prmtop))
CalcError: /opt/amber16/bin/sander failed with prmtop ../../0sys/nw-wt-phe.prmtop!
Error occured on rank 0.
Exiting. All files have been retained.

nw-wt-phe.prmtop是去溶剂的复合体top文件，
计算mmpbsa可以，但计算gbsa就出现问题
gbsa.in 文件
input file for running PB and GB
&general
endframe=1000, interval=5, verbose=1,
receptor_mask=:1-680, ligand_mask=:PEA,
strip_mask=":WAT:Na+",
/
&gb
  igb=5, saltcon=0.100,
/
#&pb
#  istrng=0.100,
#/
&decomp
  idecomp=2, print_res="1-681",
  dec_verbose=2,
/

gbsa.pbs文件
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N wt-phe
#PBS -V
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#
cd ~/myosin5/myosin/wt-phe/8analsy/2gbsa
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`

export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2,3

mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE MMPBSA.py.MPI -O -i dep.in -sp ../../0sys/wt-phe.prmtop -cp ../../0sys/23-nw-wt-phe.prmtop -rp ../../0sys/nw-wt-nphe.prmtop -lp ../../0sys/phe.prmtop -y ../../5prod/cenprod/30-50/cenpro*.mdcrd
exit

请大神指教，谢谢

作者
Author: puzhongji 时间: 2019-10-24 15:46
我一般用ante-MMPBSA生成 top文件
ante-MMPBSA.py -p com.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -n ":299"

或者使用 parmstrip
parm ../*.prmtop
parmstrip !(:1-447)
parmwrite out com.prmtop
run
quit

作者
Author: zkzk 时间: 2019-10-28 08:31
这样生成的是去溶剂的复合体拓扑文件吗？

作者
Author: puzhongji 时间: 2019-10-28 09:45
Including explicit water molecules as part of the protein structure in MM/PBSA calculations

parmstrip !(:1-447) 关键在这个命令。可以保留一些水，对结果有利。

作者
Author: zkzk 时间: 2019-10-28 14:47

puzhongji 发表于 2019-10-28 09:45
Including explicit water molecules as part of the protein structure in MM/PBSA calculations

parms ...

为什么保留一些水对结果有利？不好意思，不太明白

作者
Author: zkzk 时间: 2019-10-28 14:48

zkzk 发表于 2019-10-28 14:47
为什么保留一些水对结果有利？不好意思，不太明白

你发给我的是amber适用的脚本吗？

作者
Author: wxx18879173572 时间: 2023-4-20 12:27
interval设置足够大报错就没了。不管是receptor，ligand、compound的top报错就不会有，所以这是什么问题？

作者
Author: c00jsw00 时间: 2023-4-20 13:45
不管MMPBSA OR MMGBSA 其實對protein-ligand system 都是不準確的

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