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标题: 求助，在GAFF力场下做MD模拟后出现了分子断键的情况 [打印本页]

作者
Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2019-10-24 12:42
标题: 求助，在GAFF力场下做MD模拟后出现了分子断键的情况
本帖最后由乐嘻嘻嘻于 2019-11-13 11:17 编辑

各位老师好，我在动力学模拟PC71BM时候，如图所示，最终的分子构型的88号C和86号C中间单键断裂，86号C上的H也断裂，不知是因为itp文件有问题，还是力场参数设置的不对~itp文件中相关的原子类型和键如图，麻烦各位老师

作者
Author: xiaoruoqiu 时间: 2019-10-24 15:13
未必是断了，也有可能是可视化程序自行判定不成键。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-26 03:57
只不过比常规C-C键范围远了一点，没有什么异常。仔细看此文了解gview对成键是怎么判断的
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

从结构看，倒是C60明显不合理。这种体系用GAFF模拟可信度极低。还不如用xtb跑GFN-xTB下的MD，对这种大小体系也没多少耗时。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-10-26 08:09
请问你这个模型是如何构建的？是手画还是模板还是编程呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-27 01:14

少年爱吃地三鲜发表于 2019-10-26 08:09
请问你这个模型是如何构建的？是手画还是模板还是编程呢？

gview摆一下就出来，很容易

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-10-28 08:02

sobereva 发表于 2019-10-27 01:14
gview摆一下就出来，很容易

谢谢老师1

作者
Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2019-10-28 08:36

sobereva 发表于 2019-10-26 03:57
只不过比常规C-C键范围远了一点，没有什么异常。仔细看此文了解gview对成键是怎么判断的
谈谈原子间是否成 ...

谢谢老师~

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