计算化学公社

标题: 径向分布函数求配位数的问题求助 [打印本页]

作者
Author: naoki 时间: 2019-10-24 14:59
标题: 径向分布函数求配位数的问题求助
我想向大家请教一下，VMD给出的径向分布函数是radial pair distribution function，就是两种选定原子之间距离的分布函数g(r)，所以中心原子（A）和参照原子（B）先后顺序不影响结果，那么对g(r)积分后求出的配位数是A周围B的数量还是B周围A的数量呢，或者说，这种g(r)积分的意义是什么呢？假如我想分别求A对B和B对A的配位数，应该如何计算呢，谢谢大家！

作者
Author: naoki 时间: 2019-10-24 15:53
额。。我发现在A和B在Selection选框互换位置之后rdf不变，Int(g(r))值会变，也就是说A在Selection1，B在Selection2时积分求出的时A周围B的配位数，AB互换位置就是B周围A的配位数吗。。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-10-24 16:19
没用过VMD求，但gromacs里有参考组和计算组可供选择

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-26 04:02
从计算公式上理解

(, 下载次数 Times of downloads: 96)
(, 下载次数 Times of downloads: 108)

作者
Author: naoki 时间: 2019-10-30 09:27

sobereva 发表于 2019-10-26 04:02
从计算公式上理解

谢谢Sob老师的解答~

作者
Author: 星空DMU 时间: 2020-1-7 17:32

naoki 发表于 2019-10-30 09:27
谢谢Sob老师的解答~

请问算出RDF曲线，怎么算配位数。

作者
Author: naoki 时间: 2020-1-7 18:40

星空DMU 发表于 2020-1-7 17:32
请问算出RDF曲线，怎么算配位数。

vmd算rdf的时候可以选择int 就是求积分 rdf第一个峰谷作垂线与积分曲线交点的y坐标值即为第一层配位数这个你可以从rdf的定义和公式理解一下

作者
Author: 星空DMU 时间: 2020-1-7 19:49

naoki 发表于 2020-1-7 18:40
vmd算rdf的时候可以选择int 就是求积分 rdf第一个峰谷作垂线与积分曲线交点的y坐标值即为第一层配位数这 ...

谢谢，另，我想研究A分子上的O原子和水分子中的H原子之间的RDf，请问VMD选择语句该怎么写？A为水溶性高分子聚合物。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-7 19:53

星空DMU 发表于 2020-1-7 19:49
谢谢，另，我想研究A分子上的O原子和水分子中的H原子之间的RDf，请问VMD选择语句该怎么写？A为水溶性高分 ...

name O and resname A
name H and water
其中name、resname根据实际来写

作者
Author: naoki 时间: 2020-1-7 20:27

星空DMU 发表于 2020-1-7 19:49
谢谢，另，我想研究A分子上的O原子和水分子中的H原子之间的RDf，请问VMD选择语句该怎么写？A为水溶性高分 ...

Sob老师说的对
还有就是一般水中H的name为HW1和HW2 O为OW

作者
Author: 星空DMU 时间: 2020-1-7 21:16

naoki 发表于 2020-1-7 20:27
Sob老师说的对
还有就是一般水中H的name为HW1和HW2 O为OW

谢谢

作者
Author: 星空DMU 时间: 2020-1-7 21:16

sobereva 发表于 2020-1-7 19:53
name O and resname A
name H and water
其中name、resname根据实际来写

谢谢sob老师

作者
Author: 李朋 时间: 2020-12-26 09:57

sobereva 发表于 2019-10-26 04:02
从计算公式上理解

请问老师，VMD分析RDF时，勾选Int g(r)，给出来的积分曲线，是已经乘以平均数密度了吗？即，给出的积分曲线，直接就是公式等号右边的值？谢谢~

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-12-26 21:56

李朋发表于 2020-12-26 09:57
请问老师，VMD分析RDF时，勾选Int g(r)，给出来的积分曲线，是已经乘以平均数密度了吗？即，给出的积分曲 ...

VMD的积分值就是卢老师ppt里那个公式的结果

作者
Author: 961106 时间: 2022-6-7 11:30

sobereva 发表于 2019-10-26 04:02
从计算公式上理解

请问老师插件里的Histogram parameters里的定义是什么意思？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-9 07:11

961106 发表于 2022-6-7 11:30
请问老师插件里的Histogram parameters里的定义是什么意思？谢谢老师

r的计算间隔、上限

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-8-3 13:56

sobereva 发表于 2020-1-7 19:53
name O and resname A
name H and water
其中name、resname根据实际来写

借楼想问一下老师，我想求镧原子的第一层配位数。于是我使用VMD统计了La周围O原子的径向分布函数，并求得了数密度。结果交点为10.4。那这说明配位数是10还是11？稀土镧的配位数一般为8或者9，在这里为10以上，这结果可信吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-4 02:20

护卫天使发表于 2022-8-3 13:56
借楼想问一下老师，我想求镧原子的第一层配位数。于是我使用VMD统计了La周围O原子的径向分布函数，并求得 ...

我不知道你是对单帧结构算的还是对轨迹统计的
对于单一结构的情况，Multiwfn直接提供了计算配位数的功能，在此文里搜“基于键长的分析”
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-8-4 02:55

sobereva 发表于 2022-8-4 02:20
我不知道你是对单帧结构算的还是对轨迹统计的
对于单一结构的情况，Multiwfn直接提供了计算配位数的功能 ...

老师好，我是对4000条轨迹进行统计。我给的图是通过在VMD中的选择语句：same fragment as within 2.8 of fragment 52(fragment 52代表镧原子），选取了代表性的符合用RDF求解配位数的某一帧。我的疑惑是能不能用RDF的计算结果表明镧在该体系的配位数？如何可以表明，我是不是就可以通过选择语句选择符合配位数的某一代表帧作高精度的DFT计算？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-4 05:55

护卫天使发表于 2022-8-4 02:55
老师好，我是对4000条轨迹进行统计。我给的图是通过在VMD中的选择语句：same fragment as within 2.8 of ...

你先看看看轨迹动画，了解配位键的变化情况。如果配位键数目始终没变，只是键长有所波动，没必要用rdf来说事，配位数始终等于Multiwfn对其中单一结构判断出来的。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-8-4 14:06

sobereva 发表于 2022-8-4 05:55
你先看看看轨迹动画，了解配位键的变化情况。如果配位键数目始终没变，只是键长有所波动，没必要用rdf来 ...

老师好，我看了轨迹动画，是存在9、10、11的不同配位数，我分别选取9、10、11的某一帧结构在G16中做几何优化，得到的.fchk文件载入Multiwfn计算配位数，结果分别为10、11、11。我疑惑是该如何确定第一层配位数是多少？或者通过能量最低来确定？还有一点就是我发现配位数为11时，有一个水分子与La的距离达到了3.6埃，按理说这个水是没有配位的，但是在Multiwfn里计算配位数还是11.

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-5 08:19

护卫天使发表于 2022-8-4 14:06
老师好，我看了轨迹动画，是存在9、10、11的不同配位数，我分别选取9、10、11的某一帧结构在G16中做几何 ...

没具体结构没法说
可以对比自由能判断，但如果相差不悬殊，实际溶液中配位状态也可能是动态改变的
搞清楚配位数的判断原理，Multiwfn手册里都写了，别教条地理解数据

作者
Author: yixiansheng 时间: 2023-11-20 17:01

naoki 发表于 2020-1-7 18:40
vmd算rdf的时候可以选择int 就是求积分 rdf第一个峰谷作垂线与积分曲线交点的y坐标值即为第一层配位数这 ...

那这两张图如何放到一起呢可以告知一下嘛，谢谢

作者
Author: naoki 时间: 2023-11-20 18:38

yixiansheng 发表于 2023-11-20 18:01
那这两张图如何放到一起呢可以告知一下嘛，谢谢

vmd导出数据，用origin之类的软件做图

作者
Author: 乐平 时间: 2024-11-4 10:12
请教一下，VMD 计算径向分布函数的时候，对于盒子是否有要求？
我用方盒子可以得到结果，但是对于六角盒子计算的时候，一直报错。报错信息里也没说原因，如下图所示。

(, 下载次数 Times of downloads: 21)

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

体系是 SiC
(, 下载次数 Times of downloads: 22)

晶胞参数为 9.28200 9.28200 10.12780 90.0000 90.0000 120.0000
已经在 VMD TKConsole 里设置了周期性边界条件

pbc set {9.28200 9.28200 10.12780 90.0000 90.0000 120.0000} -all
pbc box
pbc wrap -all

复制代码

难道 VMD 不能处理六角格子的 RDF ?

作者
Author: naoki 时间: 2024-11-5 08:52

乐平发表于 2024-11-4 11:12
请教一下，VMD 计算径向分布函数的时候，对于盒子是否有要求？
我用方盒子可以得到结果，但是对于六角盒子 ...

这个还这没试过，我的盒子都是正交化之后的

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-11-5 09:54

乐平发表于 2024-11-4 10:12
请教一下，VMD 计算径向分布函数的时候，对于盒子是否有要求？
我用方盒子可以得到结果，但是对于六角盒子 ...

VMD报错不是只看那个弹窗哦，而得看命令行的提示，比如像这帖就有截图。命令行的说法"ERROR) measure gofr: only orthorhombic cells are supported (for now)"明确说了，VMD的RDF计算插件目前仅支持正交盒子。

社长在这帖提到的解决方法是改用GROMACS，先用gmx make_ndx创建原子序号的索引文件，然后gmx rdf计算g(r)。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-11-5 17:04

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-5 09:54
VMD报错不是只看那个弹窗哦，而得看命令行的提示，比如像这帖就有截图。命令行的说法"ERROR) measure gof ...

感谢指点！

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