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标题: gromacs 2019做把小分子拉进膜的PMF模拟报错求助 [打印本页]

作者
Author: amagi 时间: 2019-10-24 16:35
标题: gromacs 2019做把小分子拉进膜的PMF模拟报错求助
我想把小分子拉进膜，使用的gromacs2019，在做pull过程中显示：ERROR 1 [file pull.mdp]:
  When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms
  in the group is larger than 0.5 times half the box size a centrally
  placed atom should be chosen as pbcatom. Pull group 2 is larger than that
  and does not have a specific atom selected as reference atom.

在gromacs5中用同样的文件就不会报错

这是我的参数：
pull                   = yes
pull_coord1_type       = umbrella
pull_coord1_geometry    = distance
pull_ngroups          = 2
pull_ncoords          = 1
;pull-coord1-vec       = 0 0 1
pull_coord1_k          = 2000
pull_coord1_rate       = -0.0002
pull_coord1_start             = yes
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_group1_name       = pull
pull_group2_name       = POPC
pull_coord1_dim    = N N Y

请问如何修改参数呢，我试了添加pull-group1-pbcatom=0或-1都不行

作者
Author: jluZ 时间: 2020-8-31 15:06
请问这个问题解决了么？

作者
Author: byqyb 时间: 2021-3-12 22:11
您好，请问这个问题您解决了吗？能否请教一下方法？

作者
Author: 侯易123 时间: 2021-3-24 20:45

byqyb 发表于 2021-3-12 22:11
您好，请问这个问题您解决了吗？能否请教一下方法？

请问你这个问题解决了吗，我也遇到了同样的问题

作者
Author: FrancisCho 时间: 2024-7-22 14:57
您使用的是distance，使用distance和direction有一个前提是拉动的距离要小于盒子在那个方向上长度的一半，可以选择使用direction-periodic或者gmx editconf -f .gro -o .gro -center x y z -box 2x 2y 2z来扩大盒子，但会增加运算量，以及体系中的分子会远离体系

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