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标题: 求助gmx hbond做氢键分析得到的氢键数量结果 [打印本页]

作者
Author: jackie 时间: 2019-10-25 16:04
标题: 求助gmx hbond做氢键分析得到的氢键数量结果
下面的粗斜体字是使用gmx hbond做氢键分析得到的氢键数量结果。gromacs在判定氢键应该有两个标准，一个是氢键距离R<=0.35nm，另一个是角度alpha<=30°。请问一下，下面第二列和第三列分别是用哪个标准判断得出的氢键数？如果是要分析，应该选择哪一列分析才具有意义？

# gmx hbond -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -num nhb -hbn -n index.ndx
# gmx hbond is part of G R O M A C S:
#
# GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science
#
@ title "Hydrogen Bonds"
@ xaxis  label "Time (ps)"
@ yaxis  label "Number"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "Hydrogen bonds"
@ s1 legend "Pairs within 0.35 nm"
      0          0          4
   100          0          2
   200          0          4
   300          1          3
   400          0       10
   500          0          3
   600          0          4
   700          1          6
   800          1          2
   900          1          9
   1000          1          4

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-26 03:37
第二列是键角和键长标准都考虑的，第三列是不考虑键角，只考虑<0.35nm的。显然一般应当取第二列的

作者
Author: jackie 时间: 2019-10-26 21:06

sobereva 发表于 2019-10-26 03:37
第二列是键角和键长标准都考虑的，第三列是不考虑键角，只考虑

好的，谢谢sob老师。
但是有个问题：我分析的是一个蛋白体系和dsDNA间的分子间氢键，如果用一些可视化软件判断出的分子间个数有10多个，但用gmx hbond这个工具分析整个MD模拟时间段氢键数目的波动在0~6之间，感觉这数据分析不是很可靠？在选择分析形成氢键数目我选择的基团是整个蛋白质和整个DNA体系进行分析计算

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-27 01:17

jackie 发表于 2019-10-26 21:06
好的，谢谢sob老师。
但是有个问题：我分析的是一个蛋白体系和dsDNA间的分子间氢键，如果用一些可视化软 ...

先得把键长键角判断标准设成一致才有可比性
而且不同程序对氢键键角的定义往往不同，比如VMD和gmx hbonds就不同。只要都弄相同了，不同程序给出的是一致的

作者
Author: jackie 时间: 2019-11-18 17:23

sobereva 发表于 2019-10-27 01:17
先得把键长键角判断标准设成一致才有可比性
而且不同程序对氢键键角的定义往往不同，比如VMD和gmx hbond ...

gromacs可以分析氢键的lifetime，能不能分析salt bridge的lifetime？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-20 02:09

jackie 发表于 2019-11-18 17:23
gromacs可以分析氢键的lifetime，能不能分析salt bridge的lifetime？

没这个功能

作者
Author: vandenberg 时间: 2020-3-13 11:39
受教了

作者
Author: 18258036115 时间: 2020-8-10 20:51
感谢老师

作者
Author: Zshuaikust 时间: 2021-7-31 17:15
学习到了，刚想问问这个hbond问题

作者
Author: 莫落 时间: 2022-12-19 21:39

sobereva 发表于 2019-10-26 03:37
第二列是键角和键长标准都考虑的，第三列是不考虑键角，只考虑

请问sob,第三列也就是Pairs within 0.35 nm比第二列的数值还要小，这合理吗？

作者
Author: Jus 时间: 2023-1-9 16:28

sobereva 发表于 2019-10-26 03:37
第二列是键角和键长标准都考虑的，第三列是不考虑键角，只考虑

冒昧的问下sob老师，第一列数又是啥，是时间吗

作者
Author: Acee 时间: 2023-1-9 16:43

Jus 发表于 2023-1-9 16:28
冒昧的问下sob老师，第一列数又是啥，是时间吗

是的，看注释

作者
Author: Jus 时间: 2023-1-9 19:58

Acee 发表于 2023-1-9 16:43
是的，看注释

好的好的，谢谢

作者
Author: zyxlljn 时间: 2023-6-2 10:50

莫落发表于 2022-12-19 21:39
请问sob,第三列也就是Pairs within 0.35 nm比第二列的数值还要小，这合理吗？

您好，我也出现了同样的问题，请问您解决了嘛？谢谢！！

作者
Author: DOUKUN 时间: 2023-8-1 08:23
本帖最后由 DOUKUN 于 2023-8-1 10:51 编辑

zyxlljn 发表于 2023-6-2 10:50
您好，我也出现了同样的问题，请问您解决了嘛？谢谢！！

我的第三列也比第二列小啊，什么原因呢？不知道有没有高人解答

作者
Author: ys_song 时间: 2023-8-27 11:37
本帖最后由 ys_song 于 2023-8-27 11:39 编辑

DOUKUN 发表于 2023-8-1 08:23
我的第三列也比第二列小啊，什么原因呢？不知道有没有高人解答

If the program finds a pair shorter than 0.35nm, and the angle is smaller than
30deg., then the program put this pair in the column 2.
If the program finds a pair shorter than 0.35nm, and the angle is larger than
30deg., then the program put this pair in the column 3.
as said here by Jianguo Li.

作者
Author: chenbq18 时间: 2025-1-9 19:37
有什么方法，能输出每一帧中所形成氢键的详细信息吗，比如输出残基名序号，原子名，供受体等？

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