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标题: 采用CGenFF产生str文件，施加力场出现错误提示“str和mol2文件残基名不匹配”？ [打印本页]

作者
Author: wlx542245 时间: 2019-10-26 12:56
标题: 采用CGenFF产生str文件，施加力场出现错误提示“str和mol2文件残基名不匹配”？
具体提示如下：
D:\Python 27>python cgenff_charmm2gmx.py RESI JZ4.mol2 JZ4.str charmm36-mar2019.ff
NOTE1: Code tested with python 2.7.3. Your version: 2.7.17 (v2.7.17:c2f86d86e6, Oct 19 2019, 21:01:17) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)]

NOTE2: Please be sure to use the same version of CGenFF in your simulations that was used during parameter generation:
--Version of CGenFF detected in JZ4.str : 4.0
--Version of CGenFF detected in charmm36-mar2019.ff/forcefield.doc : 4.1

WARNING: CGenFF versions are not equivalent!

NOTE3: In order to avoid duplicated parameters, do NOT select the 'Include parameters that are already in CGenFF' option when uploading a molecule into CGenFF.
Error in atomgroup.py: read_mol2_coor_only: no. of atoms in mol2 (22) and top (0) are unequal
Usually this means the specified residue name does not match between str and mol2 files

作者
Author: wlx542245 时间: 2019-10-26 15:11
已解决，谢谢

作者
Author: lcd83389 时间: 2020-5-17 23:16
请问楼主怎么解决的？

作者
Author: lcd83389 时间: 2020-5-17 23:21
通过改jz4.str中的残基名跑成功了这一步，但我想问的是这里提示的CGenFF的版本号不一致是否对后续分析有影响？

作者
Author: wlx542245 时间: 2020-5-18 08:38

lcd83389 发表于 2020-5-17 23:21
通过改jz4.str中的残基名跑成功了这一步，但我想问的是这里提示的CGenFF的版本号不一致是否对后续分析有影 ...

你好，理论我也刚开始接触，最好统一吧，我记得好像是2017的那个力场，版本匹配不匹配都成功了，不出现错误提示，是有note的话，可以正常运行的，后续分析也基本和官网一致；后来小分子top文件改了方法，用的sob老师推荐中的ambertools。官方教程我续跑了70ns，自己的就不放这了

作者
Author: CHC 时间: 2020-10-26 11:50
本帖最后由 CHC 于 2020-10-26 14:48 编辑

楼主，你好，我也遇到了相同的问题，你说修改.str中残基名，但是str和mol2文件中的都是一样的，请问是怎么修改？
Error in atomgroup.py: read_mol2_coor_only: no. of atoms in mol2 (86) and top (0) are unequal
Usually this means the specified residue name does not match between str and mol2 files

作者
Author: wlx542245 时间: 2020-10-29 10:30

CHC 发表于 2020-10-26 11:50
楼主，你好，我也遇到了相同的问题，你说修改.str中残基名，但是str和mol2文件中的都是一样的，请问是怎么 ...

文件里面的名称对应起来

作者
Author: onlyking 时间: 2021-6-27 16:14

wlx542245 发表于 2020-10-29 10:30
文件里面的名称对应起来

楼主，您好，原始文件里的残基名不是对应的嚒，文件里面的名称对应起来的具体操作是什么呀

作者
Author: LvYang 时间: 2022-10-9 19:10
您好！请问这个问题最后解决了吗？我卡在这里好几天了，一直没有查到解决办法

作者
Author: Tadakoi 时间: 2023-8-6 13:29
请问解决了吗，我也卡在这里

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