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标题: 原子吸附高度在初始构型中怎么怎么确定？ [打印本页]

作者
Author: gch123 时间: 2019-10-26 22:03
标题: 原子吸附高度在初始构型中怎么怎么确定？
请问一下各位老师，我想在红色原子与粉色原子上吸附原子，这个初始吸附高度应该怎么确定？因为粉色原子处于红色原子下方，那么在粉色原子上初始原子吸附高度有什么要求吗？还是可以是
任意值？另外在红色原子与粉色原子之间的键上吸附原子应该怎么构建初始模型？该开始接触这方面好多都不确定表达不准确的地方望各位老师指出

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-27 00:45
把被吸附物质摆在各种可能出现的位置上方一定位置，之后优化一下自然就会调整到最合适位置上去。不需要在初猜结构上那么讲究

作者
Author: gch123 时间: 2019-10-27 10:01

sobereva 发表于 2019-10-27 00:45
把被吸附物质摆在各种可能出现的位置上方一定位置，之后优化一下自然就会调整到最合适位置上去。不需要在初 ...

好的谢谢老师

作者
Author: lao7 时间: 2019-10-28 11:01
成键位置的1.5至2倍，大约Gview的长度大约1.6-2.2左右。尽量远点。如果太近，给可能的自由移动造成了麻烦！

作者
Author: granvia 时间: 2019-10-28 12:02

lao7 发表于 2019-10-28 11:01
成键位置的1.5至2倍，大约Gview的长度大约1.6-2.2左右。尽量远点。如果太近，给可能的自由移动造成了麻烦！

就是这样也不能保证一定落到最优势的极小点。2L说的靠谱

作者
Author: gch123 时间: 2019-10-28 20:49

lao7 发表于 2019-10-28 11:01
成键位置的1.5至2倍，大约Gview的长度大约1.6-2.2左右。尽量远点。如果太近，给可能的自由移动造成了麻烦！

谢谢老师的解答，我还有一个问题，就是想在位于边界的原子上吸附一个原子，但加上吸附原子后会在另外的边界上也出现这个原子（因为周期性），这样会不会对结果有影响？在两个界面上出现的吸附原子是属于同一个原子吗？

作者
Author: lao7 时间: 2019-10-30 12:38

gch123 发表于 2019-10-28 20:49
谢谢老师的解答，我还有一个问题，就是想在位于边界的原子上吸附一个原子，但加上吸附原子后会在另外的边 ...

看不懂你在说什么？晶体吗？算一边不就行了？另外一面不是周期性或者对称性嘛？

作者
Author: gch123 时间: 2019-11-3 10:24

lao7 发表于 2019-10-30 12:38
看不懂你在说什么？晶体吗？算一边不就行了？另外一面不是周期性或者对称性嘛？

就是计算吸附的时候，吸附位点可以选在边界上吗？

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-3 18:42

gch123 发表于 2019-11-3 10:24
就是计算吸附的时候，吸附位点可以选在边界上吗？

要考虑真实情况！在一个体系下，更多时候暴露的是面。如果边角暴露面比例很低，该位点即使结合能很高，也不具有实际意义。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-11-3 19:58

gch123 发表于 2019-10-28 20:49
谢谢老师的解答，我还有一个问题，就是想在位于边界的原子上吸附一个原子，但加上吸附原子后会在另外的边 ...

我不知道你具体的意思，你的意思是原子放到边界上和放到中间吸附相同吗？如果是这个问题，那么因为周期性，这两个原子是同一个原子，只是不同程序显示模式不同所以你能看到两个，有些程序或显示模式你就只能看到一个。

如果你指的是，想要做一个模型来表示某个表面真实的边缘，这种情况要么选择台阶表面来模拟，要么就是做一个带状的模型。

作者
Author: gch123 时间: 2019-11-3 20:59

卡开发发发表于 2019-11-3 19:58
我不知道你具体的意思，你的意思是原子放到边界上和放到中间吸附相同吗？如果是这个问题，那么因为周期性 ...

懂了谢谢老师

作者
Author: gch123 时间: 2019-11-3 21:00

lao7 发表于 2019-11-3 18:42
要考虑真实情况！在一个体系下，更多时候暴露的是面。如果边角暴露面比例很低，该位点即使结合能很高，也 ...

哦哦

作者
Author: gch123 时间: 2019-11-15 13:09

卡开发发发表于 2019-11-3 19:58
我不知道你具体的意思，你的意思是原子放到边界上和放到中间吸附相同吗？如果是这个问题，那么因为周期性 ...

老师，再请教一下，当计算原子在石墨烯的bridge位点上的吸附时需不需要固定吸附原子的x和y坐标？如果不固定，这样的吸附结果会不会与top位或者六圆环中心位点的吸附结果一样？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-11-15 18:58

gch123 发表于 2019-11-15 13:09
老师，再请教一下，当计算原子在石墨烯的bridge位点上的吸附时需不需要固定吸附原子的x和y坐标？如果不固 ...

如果优化到其他位置说明这个位置并不在势能面的极小点上，没必要讨论的话就不用把他算出来，有些吸附构型确实可能做不出来。审稿人问的话你就可以老老实实说bridge位试着做过，调整了几次结构之后还是被优化到其他结构了。

作者
Author: gch123 时间: 2019-11-15 19:10

卡开发发发表于 2019-11-15 18:58
如果优化到其他位置说明这个位置并不在势能面的极小点上，没必要讨论的话就不用把他算出来，有些吸附构型 ...

谢谢老师，那如果固定x和y，只让吸附原子在z方向动，这样可行吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-11-15 19:16

gch123 发表于 2019-11-15 19:10
谢谢老师，那如果固定x和y，只让吸附原子在z方向动，这样可行吗？

那样拿到的只是约束条件下的极小点，说不定是鞍点或其他的，要让这个结构和其他无约束极小具备同样的物理意义不现实。

作者
Author: gch123 时间: 2019-11-15 19:30

卡开发发发表于 2019-11-15 19:16
那样拿到的只是约束条件下的极小点，说不定是鞍点或其他的，要让这个结构和其他无约束极小具备同样的物理 ...

明白了谢谢老师

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