计算化学公社

标题: 求助，使用pdb2gmx命令结果出现Segmentation fault，详细见帖子，新人求帮忙 [打印本页]

作者
Author: fwan1006 时间: 2019-10-27 16:56
标题: 求助，使用pdb2gmx命令结果出现Segmentation fault，详细见帖子，新人求帮忙
最近新学gromacs做蛋白质配体的对接模拟，在使用pdb2gmx命令gmx pdb2gmx -ignh -f result4.pdb -o protein.gro出现如下结果
C:\Users\fwan\Desktop\1.png
请问是因为我的蛋白质pdb文件有问题吗？具体的pdb文件预处理有什么好的软件或者程序吗？

作者
Author: fwan1006 时间: 2019-10-27 17:00
Start terminus THR-2: NH3+
End terminus PHE-484: COO-
Opening force field file ./charmm36-mar2019.ff/merged.arn
Checking for duplicate atoms....
Generating any missing hydrogen atoms and/or adding termini.
Segmentation fault (core dumped)
具体的错误如上，刚来这个论坛连上传图片都不会

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-28 01:18

fwan1006 发表于 2019-10-27 17:00
Start terminus THR-2: NH3+
End terminus PHE-484: COO-
Opening force field file ./charmm36-mar2019. ...

仔细看置顶的新社员必读，论坛的基本规则和用法全都写了。刚注册的时候提示信息里也明确提示了有这个必读贴

原帖里没写清楚的直接编辑原帖进行补充，别通过回帖方式补充

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-28 01:20
gmx的用户老老实实用pdb2gmx，没有别的可考虑的
仔细检查输入的pdb结构文件没硬伤。死活搞不明白换其它版本或者其它力场再试

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