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标题: MD成品模拟遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: rookiey 时间: 2019-10-28 11:53
标题: MD成品模拟遇到的问题
请问大家，我在用amber跑MD最后一步的成品模拟时，遇到了以下错误，请大家帮我看一下，是我的体系有什么问题吗？min，heat和proc的输入文件均采用amber官网的例子所使用的参数，后来我把heat部分时间延长了10倍还是未能解决。
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作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-28 14:46
heat都不崩溃没有理由prod崩溃
确保prod的时候延续了heat最后一步的坐标和速度，并且prod和heat之间不是必须变化的参数不要进行修改

作者
Author: abdoman 时间: 2019-10-28 17:05
heat这一步不要用pmemd.cuda，就用pmemd.mpi 就可以了。

作者
Author: abdoman 时间: 2019-10-28 17:06

abdoman 发表于 2019-10-28 17:05
heat这一步不要用pmemd.cuda，就用pmemd.mpi 就可以了。

需要等基本平衡后（密度），就可以用gpu来算prod了。

作者
Author: puzhongji 时间: 2019-10-28 20:04
提示切换到cpu，pmemd.MPI跑了。

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