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标题: 求助：模拟退火遇到错误 [打印本页]
作者
Author: wh.shen    时间: 2019-10-28 14:01
标题: 求助：模拟退火遇到错误
各位老师，我在模拟退火时遇到如下错误，以下是代码和错误信息，求指导
代码：
  1. <b>constraints            = h-bonds
  2. constraint_algorithm   = LINCS
  3. lincs_order            = 4
  4. ;shake_tol              = 0.0001
  5. comm_mode              = Linear
  6. comm_grps              = Protein Non-protein
  7. integrator             = md
  8. annealing           = periodic periodic
  9. annealing_npoints   = 3 3
  10. annealing_time      = 0 5 10 0 5 10
  11. annealing_temp      = 300 400 500 300 400 500
  12. dt                     = 0.002 ; ps !
  13. nsteps                 = 5000000 ; total 10 ns.
  14. nstcomm                = 10
  15. nstxout                = 10000 ; collect data every 10 ps
  16. nstenergy              = 10000
  17. nstvout                = 10000
  18. nstlog                 = 10000
  19. nstxtcout              = 5000
  20. xtc_grps               = non-water
  21. nstfout                = 0
  22. nstlist                = 10
  23. ns_type                = grid
  24. rlist                  = 1.0
  25. ; Electrostatics
  26. coulombtype              = PME
  27. rcoulomb                 = 1
  28. ; van der Waals
  29. vdw-type                 = switch
  30. rvdw-switch              = 0.8
  31. rvdw                     = 1.0
  32. fourierspacing         = 0.12
  33. fourier_nx             = 0
  34. fourier_ny             = 0
  35. fourier_nz             = 0
  36. pme_order              = 4
  37. ewald_rtol             = 1e-5
  38. optimize_fft           = yes
  39. energygrps             = system
  40. ; Berendsen temperature coupling is on in two groups
  41. Tcoupl                 = v-rescale ;nose-hoover
  42. tau_t                  = 0.5 0.5
  43. tc-grps                = Protein Non-protein
  44. ref_t                  = 300 300
  45. ; Pressure coupling is on
  46. Pcoupl                 = Berendsen
  47. tau_p                  = 1.0
  48. compressibility        = 4.5e-5
  49. ref_p                  = 1.0
  50. refcoord_scaling       = com
  51. ; Generate velocites is on at 300 K.
  52. gen_vel                = yes
  53. gen_temp               = 300.0
  54. gen_seed               = -1
  55. </b>
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错误信息：
  1. <b>Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet
  2. Simulated annealing for group Protein: Periodic, 3 timepoints
  3. Time (ps)   Temperature (K)
  4.       0.0        0.0
  5.       0.0        0.0
  6.       0.0        0.0
  7. Simulated annealing for group non-Protein: Periodic, 3 timepoints
  8. Time (ps)   Temperature (K)
  9.       0.0        0.0
  10.       0.0        0.0
  11.       0.0        0.0
  12. Number of degrees of freedom in T-Coupling group Protein is 185455.00
  13. Number of degrees of freedom in T-Coupling group non-Protein is 77298.00
  14. [node03:88987] *** Process received signal ***
  15. [node03:88987] Signal: Segmentation fault (11)
  16. [node03:88987] Signal code: Address not mapped (1)
  17. [node03:88987] Failing at address: 0x41200008
  18. [node03:88987] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xf370) [0x2b185cd40370]
  19. [node03:88987] [ 1] /opt/software/openmpi-1.6.5/lib/libmpi.so.1(opal_memory_ptmalloc2_int_malloc+0x2cd) [0x2b185bd4afad]
  20. [node03:88987] [ 2] /opt/software/openmpi-1.6.5/lib/libmpi.so.1(opal_memory_ptmalloc2_int_memalign+0x52) [0x2b185bd4d942]
  21. [node03:88987] [ 3] /opt/software/openmpi-1.6.5/lib/libmpi.so.1(opal_memory_ptmalloc2_memalign+0xbf) [0x2b185bd4dd7f]
  22. [node03:88987] [ 4] /lib64/libstdc++.so.6(_Znwm+0x1d) [0x2b18684350cd]
  23. [node03:88987] [ 5] gmx_mpi_2019_s_plumed(_ZNSt6vectorI17VerletbufAtomtypeSaIS0_EE19_M_emplace_back_auxIIS0_EEEvDpOT_+0x42) [0x832fb2]
  24. [node03:88987] [ 6] gmx_mpi_2019_s_plumed() [0x82e248]
  25. [node03:88987] [ 7] gmx_mpi_2019_s_plumed(_Z23calc_verlet_buffer_sizePK10gmx_mtop_tfPK10t_inputreciifPK18VerletbufListSetupPiPf+0x49a) [0x82e6ea]
  26. [node03:88987] [ 8] gmx_mpi_2019_s_plumed(_Z10gmx_gromppiPPc+0x705f) [0x719abf]
  27. [node03:88987] [ 9] gmx_mpi_2019_s_plumed(_ZN3gmx24CommandLineModuleManager3runEiPPc+0x222) [0x4f39a2]
  28. [node03:88987] [10] gmx_mpi_2019_s_plumed(main+0x7c) [0x4e6b1c]
  29. [node03:88987] [11] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b1868b3cb35]
  30. [node03:88987] [12] gmx_mpi_2019_s_plumed() [0x4eb61d]
  31. [node03:88987] *** End of error message ***
  32. /var/spool/torque/mom_priv/jobs/7094.node01.SC: 行 11: 88987 段错误               (吐核)gmx_mpi_2019_s_plumed grompp -f annealing.mdp -c shear_14ns.gro -p silk.top -o annealing.tpr -maxwarn 2
  33. </b>
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作者
Author: sobereva    时间: 2019-10-28 14:42
mdp没有显著问题
去掉gen_vel = yes、减小步长再试
还不行尝试非MPI版
作者
Author: wh.shen    时间: 2019-10-28 18:46
本帖最后由 wh.shen 于 2019-10-28 19:25 编辑
sobereva 发表于 2019-10-28 14:42
mdp没有显著问题
去掉gen_vel = yes、减小步长再试
还不行尝试非MPI版

谢谢soberva老师，去掉速度可以了，但是gromacs忽略了我mdp的设置退火的时间和温度，生成的log显示温度一直控制在0k，我把温度输出同样是0k。
  1. grpopts:
  2.    nrdf:      185455       77298
  3.    ref-t:         300         300
  4.    tau-t:         0.5         0.5
  5. annealing:    Periodic    Periodic
  6. annealing-npoints:           2           2
  7. annealing-time [0]:              0.0         0.0
  8. annealing-temp [0]:              0.0         0.0
  9. annealing-time [1]:              0.0         0.0
  10. annealing-temp [1]:              0.0         0.0
  11. acc:            0           0           0
  12.    nfreeze:           N           N           N
  13.    energygrp-flags[  0]: 0<div class="blockcode"><blockquote>@    title "GROMACS Energies"
  14. @    xaxis  label "Time (ps)"
  15. @    yaxis  label "(K)"
  16. @TYPE xy
  17. @ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
  18. @ legend on
  19. @ legend box on
  20. @ legend loctype view
  21. @ legend 0.78, 0.8
  22. @ legend length 2
  23. @ s0 legend "Temperature"
  24.     0.000000  309.465393
  25.    20.000000    0.033040
  26.    40.000000    0.046505
  27.    60.000000    0.085721
  28.    80.000000    0.157258
  29.   100.000000    0.273109
  30.   120.000000    0.473926
  31.   140.000000    0.736583
  32.   160.000000    1.055009
复制代码




作者
Author: sobereva    时间: 2019-10-29 07:16
我不晓得你具体怎么弄的，gen_vel和退火设定的参考温度的变化在原理上没有任何直接关系。如果确认是程序bug，可以发到mailing list问问
作者
Author: wh.shen    时间: 2019-10-30 20:31
sobereva 发表于 2019-10-29 07:16
我不晓得你具体怎么弄的，gen_vel和退火设定的参考温度的变化在原理上没有任何直接关系。如果确认是程序bug ...

用gromacs-2016.5就可以输出正确的淬火温度，而用gromacs-2019.5就得到上面的结果，而2019的手册关于淬火的命令也没有丝毫变化，很奇怪啊，bug不应该越来越少吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2019-10-31 05:52
wh.shen 发表于 2019-10-30 20:31
用gromacs-2016.5就可以输出正确的淬火温度，而用gromacs-2019.5就得到上面的结果，而2019的手册关于淬火 ...

如果bug越来越少，那就没bug了，显然是不可能的
加入新功能、做新改进的时候总免不了伴随bug的出现



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