计算化学公社

标题: 含有聚合物水溶液中氢键的形成优先性问题判定求助 [打印本页]

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-28 14:19
标题: 含有聚合物水溶液中氢键的形成优先性问题判定求助
请问各位大神，小弟正在用MS 8.0 模拟研究含有聚合物水溶液中氢键的形成优先性问题，请问氢键优先性要用什么量来判定，怎么判定，需要用到什么方法及软件。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-28 14:38
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“氢键优先性判定 ”改了，以后务必注意

“氢键优先性”指代不明，说明具体指什么。
把轨迹弄到VMD里写脚本分析，总能有办法考察

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-28 16:24

sobereva 发表于 2019-10-28 14:38
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔 ...

感谢sob老师。我模拟水分子和一种聚合物高分子，它们二者间会形成氢键，我想研究一种偶联剂分子加入水中后，会对之前氢键的形成有啥影响？比如水优先和偶联剂分子形成氢键、聚合物分子优先和偶联剂分子形成氢键等等。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-29 07:18

星空DMU 发表于 2019-10-28 16:24
感谢sob老师。我模拟水分子和一种聚合物高分子，它们二者间会形成氢键，我想研究一种偶联剂分子加入水中 ...

在VMD里有氢键分析插件，可以方便地对不同的选定的组之间统计氢键随时间的变化，研究这个不难（只不过M$导出来的轨迹没有残基号信息，用选择语句选取的时候可能会碰上点麻烦，可能需要按照原子序号来选取）

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-29 08:35

sobereva 发表于 2019-10-29 07:18
在VMD里有氢键分析插件，可以方便地对不同的选定的组之间统计氢键随时间的变化，研究这个不难（只不过M$ ...

好的，谢谢sob老师。

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