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标题: 想求助关于GROMOS力场的说明书及相关文献 [打印本页]

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-10-28 19:16
标题: 想求助关于GROMOS力场的说明书及相关文献
各位老师同学，想求助一下关于GROMOS力场参数说明的文献和资料，想了解力场参数的来源和优化过程，适用的范围等信息。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-29 07:28
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作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-10-29 09:42
谢谢老师

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2019-10-29 09:44
老师opls-aa和amber力场的也想了解一下

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-30 05:48

shanxitaiyuan 发表于 2019-10-29 09:44
老师opls-aa和amber力场的也想了解一下

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对Amber力场用于核酸的改进
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作者
Author: mitsks 时间: 2019-10-30 10:24
sob老师，请问这些资料可以在哪里打包下载么

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-31 06:23

mitsks 发表于 2019-10-30 10:24
sob老师，请问这些资料可以在哪里打包下载么

目前没有打包下载
google学术搜索标题，自行下载

作者
Author: xxzj 时间: 2022-12-4 17:40

sobereva 发表于 2019-10-29 07:28

老师，我采用GROMOS96力场模拟几十个金属卟啉分子在盒子中的堆积情况，但是审稿人却提出了下面问题“As far as I know, the GROMOS force field Lennard-Jones parameters were obtained on hydrocarbons and aminoacids, i.e. on molecules where Π-stacking interactions are absent or not crucial.”，由于卟啉分子为具有较大共轭的基团，势必分子间具有较强的Π-Π相互作用，而且含有金属，所以选择的这个力场，但是审稿人认为该立场不适合，想请教一下老师，这种情况应该如何回复？辛苦您~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-5 02:39

xxzj 发表于 2022-12-4 17:40
老师，我采用GROMOS96力场模拟几十个金属卟啉分子在盒子中的堆积情况，但是审稿人却提出了下面问题“As f ...

可以做个平面间距的能量扫描，和诸如PBE0-D3(BJ)的结果做个对比，如果定性一致那还行（明显小于平衡间距的距离不用考虑）

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