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标题: 蛋白质相互作用的模拟四个步骤每一步是否有必要呢？ [打印本页]

作者
Author: 柠檬好酸 时间: 2019-10-28 19:52
标题: 蛋白质相互作用的模拟四个步骤每一步是否有必要呢？
本帖最后由柠檬好酸于 2019-10-28 19:53 编辑

论文上说一般四个步骤：minimization Heating Equilibrition Production可以直接在某一温度下能量最小化，然后直接跑npt吗？
如果不能的话，具体步骤是不是如下所述：
①能量最小化时，先对蛋白质谐波约束（一般选100kcal？），只最小化水和离子？
②对蛋白质仍然谐波约束，加热体系到310k，（可以不加热吗？）
③平衡时，切换到npt环境下，逐渐去掉加在蛋白质上的弹簧力到0.
④npt下采样。
我目前的困惑是，课题组没人带我，这些步骤的具体细节无从参考，namd也没这方法的手册参考，我担心不这样做发不出去论文，前来问下各位大神

作者
Author: xpyp 时间: 2019-10-28 21:54
找几篇文献看看不就清楚了嘛。

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-10-28 23:28
一般来说问题不大

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-29 07:32
那叫谐振，不叫谐波

1 可以一起优化
2 不是非得有加热这一步。反正蛋白都限制住了，直接用控温到参考温度也完全可以。只不过从0K缓慢升温到实际研究的温度的做法更稳妥一些，更不容易崩
3、4不是非得分开。2跑得足够长，自然末期就已经平衡了。

NAMD官网上有现成的教程（虽然我没看过）

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-10-29 09:23
我刚学MD时也是采用常规的四步走，最小化，加热，平衡，跑动力学模拟，
amber官网有适合初学者的教程，也可以参考看看，http://ambermd.org/tutorials/bas ... _sander_input_files

作者
Author: 柠檬好酸 时间: 2019-11-3 10:36

sobereva 发表于 2019-10-29 07:32
那叫谐振，不叫谐波

1 可以一起优化

感谢sob老师的回复，上周尝试做了以上步骤，但遇到一些问题以及有一些不清楚的地方，还望老师指教。

我的步骤是：
①蛋白不施加约束的情况下，对体系能量最小化，蛋白２ｗ＋原子，体系１６ｗ原子，steps 15000;,这一步无问题，
②加热时使用NAMD reassign方法,0-310k,每100 steps　升温１ｋ,恒温用langevin方法，这一步用100 kcal/mol/A2的能量约束蛋白。
③平衡，但此时报错，rattle 算法无法控制键长（见eq.log），我查看了error information　基本是肽键出和Ｎ原子相连的Ｈ出问题，自己搜了下ＮＡＭＤ　网站上的一些解决办法都没效果。

---------------------------------------------------------我之前的做法很简单，ｎｐｔ下能量最小化，无升温，无蛋白约束，然后跑ｎｐｔ进行采样。
个人认为模拟时间够长，１００ｎｓ以上，应该不成问题吧？
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具体config见附件。

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