计算化学公社

标题: 请问用MD计算有共价作用成分的相互作用需要注意什么 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-29 13:25
标题: 请问用MD计算有共价作用成分的相互作用需要注意什么
老师好，我想用MD计算高分子链、Li+锂离子、S4(2-)四硫二价阴离子之间的相互作用。如果Li+和S4(2-)之间的共价作用成分比较大、或者Li+和高分子之间的共价作用成分比较大，还能用MD计算体系的相互作用吗？怎样分析Li+和S4(2-)之间的共价作用成分有多少呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-30 03:36
量化优化一下结合时的结构，做一下波函数分析就能考察共价成分，看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
也可以算算结合能

对于Li+和S4(2-)结合非常牢，实际MD过程中理应不会分离的情况，可以加上谐振势避免跑走。如果实际本身就容易分离，那不用做特殊考虑。可以比如用xtb做一下模拟看看实际情况

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-30 09:14
本帖最后由 yihanxu 于 2019-10-29 19:26 编辑

sobereva 发表于 2019-10-29 13:36
量化优化一下结合时的结构，做一下波函数分析就能考察共价成分，看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
...

谢谢老师，我做了MD发现Li+和S4(2-)结合很牢，就算在溶剂中开始隔了4nm也会结合到一起。只是不知道把它们看作单独的离子、建初始结构的时候并没有把两种离子放在一起甚至把它们隔了很远放置合不合理？
之前您说“对于同一个结构而言，用MD程序算的片段间相互作用能和量化程序算的结合能在物理本质上是一个量” （http://bbs.keinsci.com/thread-13800-1-1.html）。不知道我理解的对不对，我想量化的结合能是包含共价作用的吧，MD计算的Li+和S4(2-)之间的相互作用不是只包含静电作用和范德华作用吗，那MD怎样考虑这两个片段间共价作用的呢？如果忽略共价作用，MD的结果可以被接受吗？

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-30 13:21
本帖最后由 yihanxu 于 2019-10-29 23:22 编辑

sobereva 发表于 2019-10-29 13:36
量化优化一下结合时的结构，做一下波函数分析就能考察共价成分，看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
...

用MD算的高分子和锂硫形成的结构之间的相互作用大概80kJ/mol，其中主要是Li+和高分子间的静电作用

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-31 06:49

yihanxu 发表于 2019-10-30 09:14
谢谢老师，我做了MD发现Li+和S4(2-)结合很牢，就算在溶剂中开始隔了4nm也会结合到一起。只是不知道把它们 ...

如果是是用经典力场跑的MD，Li+也不会自发跑掉，就不用考虑别的了，这样就行了

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-31 11:02

sobereva 发表于 2019-10-30 16:49
如果是是用经典力场跑的MD，Li+也不会自发跑掉，就不用考虑别的了，这样就行了

谢谢老师！

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