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标题: packmol建模求助-怎么建立有序结构 [打印本页]

作者
Author: shun 时间: 2019-10-29 19:24
标题: packmol建模求助-怎么建立有序结构
各位大神！！小白求助：用packmol怎么在一个28*28的水盒子表面建立4行4列共16个十二烷基苯磺酸钠的模型？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-10-29 19:29
用Excel复制16份坐标，给每个原子加上相应的平移向量就行了，要Packmol干啥。
另外“水盒子表面”我不确定啥意思，非周期性的一个真空中的平行六面体分子簇？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-30 03:53
发帖时候看清楚板块再发，packmol和量子化学一点关系也没有。给你移动了

仔细看此文，举一反三，非常容易
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

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Author: shun 时间: 2019-10-30 09:39

sobereva 发表于 2019-10-30 03:53
发帖时候看清楚板块再发，packmol和量子化学一点关系也没有。给你移动了

仔细看此文，举一反三，非常容 ...

谢谢sobereva老师！

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Author: shun 时间: 2019-10-30 09:42

liyuanhe211 发表于 2019-10-29 19:29
用Excel复制16份坐标，给每个原子加上相应的平移向量就行了，要Packmol干啥。
另外“水盒子表面”我不确定 ...

感谢您的回复，我再好好想下

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