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标题: 求助GROMACS如何使用pcff、Dreiding等力场 [打印本页]

作者
Author: naoki 时间: 2019-10-30 18:02
标题: 求助GROMACS如何使用pcff、Dreiding等力场
请各位大佬指导呀

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Author: sobereva 时间: 2019-10-30 18:25
手动自己补
UFF拓扑文件可以通过OBGMX（http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/）直接生成

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Author: naoki 时间: 2019-10-30 19:05

sobereva 发表于 2019-10-30 18:25
手动自己补
UFF拓扑文件可以通过OBGMX（http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/）直接生成

谢谢sob老师，手动补大概是怎么操作呢

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-10-30 19:26
你想引用一整套全部信息得力场虽然不是不可能，但是有点不现实，工作量大而且不是都对你有用，所以，你需要写你用的着得东西就行。大致思路就是你可以查你想用得力场得函数类型，对应gromacs中得func，（键长，键角。非键，二面角等），然后你粒子得原子类型，这些都有后，把这些写进一个top文件里，确认无误就可以直接用了。pdb2gmx小程序是针对几个力场方便编写top文件得一种方法，类似于一个脚本。和你直接写是一个道理，之后的pdb文件可以用trjconv命令转换。希望对你有参考作用。

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