计算化学公社

标题: 想利用模拟软件分子凝胶因子与油之间的作用力，可行吗 [打印本页]

作者
Author: 要顺利毕业呀 时间: 2019-10-31 13:17
标题: 想利用模拟软件分子凝胶因子与油之间的作用力，可行吗
看到文献做水凝胶的，显示模拟出凝胶因子的聚合物，然后将水分子添加进聚合物中，如果想利用模拟软件看凝胶银子与油之间的作用力，可行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-31 16:20
你研究的这种具体问题我不熟悉。不过使用GROMACS，模拟银单质+油这种体系很容易，跑出来轨迹之后想怎么分析就怎么分析

作者
Author: 要顺利毕业呀 时间: 2019-11-4 09:37

sobereva 发表于 2019-10-31 16:20
你研究的这种具体问题我不熟悉。不过使用GROMACS，模拟银单质+油这种体系很容易，跑出来轨迹之后想怎么分析 ...

那油这种体系很复杂我是要自己画分子式各自优化然后将他们混合在一起搞出一个油体系还是直接就可以导出一个油体系呀。您说的单质和油体系的是哪篇文章可以告诉我吗我自己看看谢谢啦

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-4 09:42

要顺利毕业呀发表于 2019-11-4 09:37
那油这种体系很复杂我是要自己画分子式各自优化然后将他们混合在一起搞出一个油体系还是直接就可以 ...

packmol就可以建
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

J. Phys. Chem. C 2008, 112, 17281–17290给了典型适合在gmx里模拟金属的势，此文里用到了
在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程（含视频）
http://sobereva.com/153

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Author: 要顺利毕业呀 时间: 2019-11-4 09:49

sobereva 发表于 2019-11-4 09:42
packmol就可以建
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.kein ...

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