计算化学公社

标题: 求助：关于分子力学计算时键型设置的问题 [打印本页]

作者
Author: hamtaro 时间: 2019-10-31 19:40
标题: 求助：关于分子力学计算时键型设置的问题
在分子力学计算输入文件中需要添加geom=connectivity，一开始我用的连接方式就是在gaussview里面自动生成的 1.0 1.5 或者 2.0
后来试着修改了一下单间双键还有芳香键的分布，发现opt和freq后出来的结果并没有改变。
请问这是不是说明在分子力学当中，键的类型的定义不重要，重要的是有无键？（因为力场公式当中也没有对键型的区分？）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-1 06:57
很多情况有显著影响，因为会影响原子类型的判断
在gview里打开atom list editor，把原子类型显示出来，你会发现在gview里修改形式键级时判断出的原子类型往往也发生改变
如果你是在gjf里已经明确定义了原子类型了，那形式键级应当就不会产生影响了。

作者
Author: hamtaro 时间: 2019-11-1 11:01
嗯，我是自己人工设置成gaff原子类型的。所以键级没有影响。
谢谢sob老师！

作者
Author: kay 时间: 2019-12-8 17:26

sobereva 发表于 2019-11-1 06:57
很多情况有显著影响，因为会影响原子类型的判断
在gview里打开atom list editor，把原子类型显示出来，你 ...

卢老师，那在用QM/MM计算的时候，这里给每个原子写入电荷的时候，前面必须带上原子类型么，例如第一个原子我只写C--0.4是不是也是没有问题的。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-8 18:38

kay 发表于 2019-12-8 17:26
卢老师，那在用QM/MM计算的时候，这里给每个原子写入电荷的时候，前面必须带上原子类型么，例如第一个原 ...

看用什么力场
AMBER的情况必须指定原子类型，UFF、dreiding不是必需的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)