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标题: 求助Semiisotropic时npt控压的设置 [打印本页]

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-10-31 23:02
标题: 求助Semiisotropic时npt控压的设置
本帖最后由土拔鼠于 2019-11-3 00:51 编辑

我的体系是膜(磷脂分子平行于Z轴)、蛋白、小分子、离子我取消了Z轴的周期性边界条件在Z轴加了两个Wall

控压方式选择的是 Semiisotropic 但是我不太清楚如何去设置 x/y z这两个方向的压力耦合常数和压力请教一下老师对于膜体系一般设多少合适我试了很多搭配都提示Segmentation fault我看log文件里显示Step 282991  Warning: Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahman pressure coupling during equilibration can lead to simulation instability, and is discouraged.

我减小了步长也没有解决
我检查了我的初始结构初始结构是我前期在pbc=xyz isotropic的压力耦合方式下进行了10ns的npt 体系应该已经基本平衡了
我是在改变pbc=xy ，加wall 以及semiisotropic 之后出现的报错所以我觉得是这里出了问题

下面是我在压力耦合部分的的mdp
pcoupl                = Parrinello-Rahm
pcoupltype             = semiisotropic
tau_p                = 2.0
ref_p                = 1.0    0
compressibility       = 4.5e-5    4.5e-5
pbc                   = xy
nwall       = 2

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-11-1 04:13
Parrinello-Rahm不适合在压力变化的情况下使用
用bredenson

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-1 06:50
虽然你之前是平衡了，但改变了条件，就又不平衡了。所以应当先用berendsen直到平衡为止

压力耦合常数和压力对于膜没有特殊性，当前设置就可以

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-11-1 08:52

wuzhiyi 发表于 2019-11-1 04:13
Parrinello-Rahm不适合在压力变化的情况下使用
用bredenson

太感谢了问题解决了

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-11-1 08:56
本帖最后由土拔鼠于 2019-11-1 11:21 编辑

sobereva 发表于 2019-11-1 06:50
虽然你之前是平衡了，但改变了条件，就又不平衡了。所以应当先用berendsen直到平衡为止

压力耦合常数和 ...

谢谢社长还有两个问题想请教一下

1 先用berendsen 再用Parrinello-Rahm进行NPT 体系大概平衡了之后我是否可以转为NVT去看离子的扩散情况因为我发现加上控压之后模拟速度慢了好多

2 我在semiisotropic控压后发现膜变得不平整在xy平面有一个比较大的错位请问老师在X/Y 和 Z轴两个方向设施相同的压力与压缩系数是合理的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-1 17:21

土拔鼠发表于 2019-11-1 08:56
谢谢社长还有两个问题想请教一下

1 先用berendsen 再用Parrinello-Rahm进行NPT 体系大概平衡了之后 ...

可以

我不知道错位是什么情况，最好给个图。合理

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-11-3 00:56

sobereva 发表于 2019-11-1 17:21
可以

我不知道错位是什么情况，最好给个图。合理

社长我已经把图传到一楼的帖子上了您方便的时候看一下

还有一个问题使用berendsen控压后在Z轴方向在水盒子尺寸变得很大溶剂化用的是spc216进行的 spc216一般不是已经进行了预平衡吗并且溶剂化之后体系的密度比纯水略高但没高多少我不太理解为什么在控压后Z轴又会出现这么大的尺寸变化

作者
Author: 昊彦祖 时间: 2019-12-16 13:36
楼主好，请问你的膜蛋白体系是single bilayer，靠着膜两侧的Δq让离子通过吗？

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-1-5 14:48

昊彦祖发表于 2019-12-16 13:36
楼主好，请问你的膜蛋白体系是single bilayer，靠着膜两侧的Δq让离子通过吗？

是的想的是依靠Δq 但效果不好

作者
Author: azero 时间: 2020-4-25 01:31
求教取消Z轴PBC的好处，跟XYZ三轴的PBC相比有什么好处优点？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-25 03:21

azero 发表于 2020-4-25 01:31
求教取消Z轴PBC的好处，跟XYZ三轴的PBC相比有什么好处优点？

膜体系Z方向一般都要用PBC，要不然某些水可能蒸发到无穷远，而且也没法控制Z方向压力

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-4-25 09:30

azero 发表于 2020-4-25 01:31
求教取消Z轴PBC的好处，跟XYZ三轴的PBC相比有什么好处优点？

我的要求比较特殊我是想将膜内外分成两个独立的部分所以才取消了Z轴的PBC并且加了Wall

作者
Author: azero 时间: 2020-4-25 15:05
本帖最后由 azero 于 2020-4-25 15:07 编辑

土拔鼠发表于 2020-4-25 09:30
我的要求比较特殊我是想将膜内外分成两个独立的部分所以才取消了Z轴的PBC并且加了Wall

嗯嗯，原来如此

作者
Author: azero 时间: 2020-4-25 15:07

sobereva 发表于 2020-4-25 03:21
膜体系Z方向一般都要用PBC，要不然某些水可能蒸发到无穷远，而且也没法控制Z方向压力

Sob老师，想请教一下为什么膜体系都用Semiisotropic，而不是isotropic？一直都是照着教程，教程怎么说怎么做，想不明白其中原理

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-27 01:33

azero 发表于 2020-4-25 15:07
Sob老师，想请教一下为什么膜体系都用Semiisotropic，而不是isotropic？一直都是照着教程，教程怎么说怎 ...

因为膜的侧向和垂直于膜方向的特征差异极大，如果用各项同性控压，会导致XY和Z方向尺寸变化总是相同的，显然这和实际情况不符

作者
Author: 园园乖 时间: 2021-8-9 22:52
请问您关于wall字段的设置可以贴出来吗？谢谢！

作者
Author: herbrex 时间: 2024-2-27 09:09

sobereva 发表于 2020-4-27 01:33
因为膜的侧向和垂直于膜方向的特征差异极大，如果用各项同性控压，会导致XY和Z方向尺寸变化总是相同的， ...

请教sob老师，我的膜体系想在xy方向对膜进行一个拉伸，因此我的想法是把xy方向上的参考压力设为负值（因为正值是对体系施加压力那么负值应该就是对体系有一个拉伸）请问可行吗？如果可行那么参考压强和压缩系数怎么设置呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-28 01:16

herbrex 发表于 2024-2-27 09:09
请教sob老师，我的膜体系想在xy方向对膜进行一个拉伸，因此我的想法是把xy方向上的参考压力设为负值（因 ...

这样设置过于抽象、间接
直接在mdp里用deform设置盒子形变速度就完了

作者
Author: herbrex 时间: 2024-2-29 16:03
本帖最后由 herbrex 于 2024-2-29 16:08 编辑

sobereva 发表于 2024-2-28 01:16
这样设置过于抽象、间接
直接在mdp里用deform设置盒子形变速度就完了

感谢sob老师的回答，恕我笨拙，请问您的意思是利用盒子的形变来对film进行一个挤压吗？（盒子的作用应该只体现pbc并没有对体系有物理力的作用把）；还是说您在这里建议用deform设置盒子形变的目的是什么呢？
我有想过采用pull的方式去对我的film进行一个拉伸处理，但是pull并不能对film进行整体上的拉伸而是拉伸一部分片段，因此我才想试试用更改压强的方式进行拉伸，但是我的结果并没有达到预期，因为我的构型在执行这一步模拟前后并没有变化。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-29 23:30

herbrex 发表于 2024-2-29 16:03
感谢sob老师的回答，恕我笨拙，请问您的意思是利用盒子的形变来对film进行一个挤压吗？（盒子的作用应该 ...

令盒子尺寸越来越大，等于密度越来越小，这就是拉伸起到的效果

作者
Author: herbrex 时间: 2024-3-4 15:46

sobereva 发表于 2024-2-29 23:30
令盒子尺寸越来越大，等于密度越来越小，这就是拉伸起到的效果

感谢老师我已经通过deform设置得到了拉伸的结果，请问如何分析这一过程中体系受力的情况呢？

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