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标题: 关于xtb中MD的一些问题 [打印本页]

作者
Author: Smes 时间: 2019-11-2 14:15
标题: 关于xtb中MD的一些问题
一直想学用动力学做构象搜索。
最近我接触到了XTB程序，发现xtb同样有动力学功能。而且不需要专门设置力场去找参数。我有几个问题：
1.xtb默认的参数设置适合算什么样的体系呢？
2.如果用xtb模拟退火，是不是只要在xyz文件里在$md把temperature调大，如果是一般调多大呢？
3.xtb中的md怎么产生像其他软件一样的产生玻尔兹曼分布啊。
4如何在VMD中看xtb产生的trj文件啊，我试过，但是提示无法打开。
以上，希望老师能够解答下

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-2 16:53
1 GFN-xTB适合的体系都可以用
2 退火是个变温的过程，而不是直接在高温下模拟
3 你没搞懂什么叫波尔兹曼分布。玻尔兹曼分布是不同构象的自由能直接算出来不同构象的比例，和MD根本没有直接关系，仔细看
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
跑完MD，做一下归簇，各个簇对应的构象的出现比例自然就知道了
4 后缀改成xyz再打开

作者
Author: Smes 时间: 2019-11-2 22:36

sobereva 发表于 2019-11-2 16:53
1 GFN-xTB适合的体系都可以用
2 退火是个变温的过程，而不是直接在高温下模拟
3 你没搞懂什么叫波尔兹曼 ...

谢谢老师，不过还是有两个地方我没弄明白。
第一个就是如果要模拟退火具体该怎么操作啊，我看了xtb guide那个网页，并没有什么关键词可以设置终止时的温度。
第二个问题就是如何对其设置模拟周期性降温啊
第三个就是计算boltzmann分布的能量就是将scoord文件坐标对应的能量找出来算的吗（可是scoord文件里还想没有能量），还是说把每个trj中的构型的能量直接都读出来啊。
谢谢老师解答

作者
Author: 纪山 时间: 2019-11-28 09:01
全蛋白用xtb跑动力学，也不现实吧？

作者
Author: Smes 时间: 2019-11-28 14:34

纪山发表于 2019-11-28 09:01
全蛋白用xtb跑动力学，也不现实吧？

不是全蛋白，一个beta环糊精，后面我问了下我们学校的老师，他出了个主意让我从某个高温跑，跑完取能量最低的构型，减少5K，取上次跑完能量最低的构型继续跑，循环这个过程到常温，最后能量最低的10构象再用DFT优化。。相当自己手动模拟淬火...
不知道同学有什么高见

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 09:55

纪山发表于 2019-11-28 09:01
全蛋白用xtb跑动力学，也不现实吧？

不现实，而且也根本没意义，还不如精心拟合的蛋白质力场结果好

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 09:56

Smes 发表于 2019-11-28 14:34
不是全蛋白，一个beta环糊精，后面我问了下我们学校的老师，他出了个主意让我从某个高温跑，跑完取能量最 ...

根本没必要那么折腾
我不知道你到底要研究什么问题。beta环糊精的稳定构象都是已知的

作者
Author: Smes 时间: 2019-11-29 11:26

sobereva 发表于 2019-11-29 09:56
根本没必要那么折腾
我不知道你到底要研究什么问题。beta环糊精的稳定构象都是已知的

我是在基础的beta环糊精上加了基团，想想知道改性后的环糊精能不能包裹一个有机药物小分子以及包裹性（结合能）强不强.

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-30 03:32

Smes 发表于 2019-11-29 11:26
我是在基础的beta环糊精上加了基团，想想知道改性后的环糊精能不能包裹一个有机药物小分子以及包裹性（结 ...

就算加了基团，也不至于导致环糊精主体结构有什么很显著变化。用不着非得退火，在诸如400 K稍微偏高的温度跑MD，隔一定步数取一帧再进行几何优化就完了

作者
Author: Smes 时间: 2019-12-3 21:15

sobereva 发表于 2019-11-30 03:32
就算加了基团，也不至于导致环糊精主体结构有什么很显著变化。用不着非得退火，在诸如400 K稍微偏高的温 ...

十分感谢老师

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