标题: Production run 模拟轨迹问题求助 [打印本页] 作者Author: 呆宝可乐 时间: 2019-11-3 10:57 标题: Production run 模拟轨迹问题求助 模拟经最后一步Production run之后，观察轨迹有两方面问题想请教一下。问题一：我看我的初始时刻的轨迹图，感觉我的CO2分子（图中最多的）并不是无规律杂乱无章的排列，而是感觉很整齐，这一点让我很疑惑，不知道问题出在哪；问题二：我的计划模拟是50ns，但是在接近10ns的时候，分子就停止运动了，我的模拟应该是微乳液聚集形成一个聚团，但应该是动态的，模拟小白刚接触，不太清楚这样的情况是不是正常的。下面是附图。 (, 下载次数 Times of downloads: 31)
上传 Uploaded
点击下载Click to download
作者Author: sobereva 时间: 2019-11-3 18:16
1 温度升上去后，自然结构就会自发变得无序了。如果温度都上去了还排列整齐，明显模拟有严重问题，检查是否误用了位置限制之类的
2 信息不充分。如果CO2都排列整齐不动，显然不可能模拟出聚集现象作者Author: 呆宝可乐 时间: 2019-11-4 14:30
老师，没有设置位置限制啊。mdp文件如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 38)