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标题: 氯原子在pdb文件中识别成碳原子 [打印本页]

作者
Author: superrice 时间: 2019-11-4 22:48
标题: 氯原子在pdb文件中识别成碳原子
通过antechamber生成的PDB文件里氯原子一行如下：
ATOM 30 CL1 CPC 1 -6.781 0.086 0.404 -0.063612

用Mercury打开则直接识别成了C
请问该如何解决？

作者
Author: agent99 时间: 2019-11-5 06:11
CL改成Cl试试？

作者
Author: superrice 时间: 2019-11-5 09:15

agent99 发表于 2019-11-5 06:11
CL改成Cl试试？

之前就是Cl，我改成CL也没啥用。

作者
Author: agent99 时间: 2019-11-7 08:43
只要模拟过程中能正确识别就行，显示的问题换其他可视化软件试试？

作者
Author: superrice 时间: 2019-11-7 09:19

agent99 发表于 2019-11-7 08:43
只要模拟过程中能正确识别就行，显示的问题换其他可视化软件试试？

VMD也直接给识别成碳咯。。不知道什么情况。。

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-11-8 17:12
pdb最后有一位是元素符号的，你把那一位填上……

作者
Author: 15689900879@163 时间: 2022-11-18 19:44
使用VMD打开pdb后，Graphics-Representations-Coloring Method,将Name改为Element，就显示为Cl了。

作者
Author: 小鱼要加游 时间: 2024-10-18 10:32

k64_cc 发表于 2019-11-8 17:12
pdb最后有一位是元素符号的，你把那一位填上……

填上了也还是识别错误

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