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标题: gmx cluster命令使用请教 [打印本页]

作者
Author: daydayup 时间: 2019-11-5 10:12
标题: gmx cluster命令使用请教
老师，使用gromacs模拟药物分子的自组装，比如水盒子中的20个分子最终团聚成为一个整体的大分子，打算使用gmx cluster -f run.xtc-s run.tpr -n index 命令输出团簇数随时间变化的函数、团簇的大小等参数。但是用这个命令得到的结果非常不准确，（比如团簇数实际是变少的，但是分析结果显示是增多的。）gmx clustsize也有同样的问题。
想请教一下分析团簇的命令应该如何使用呢？感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-5 19:16
cluster是归簇用的，根本不能用于当前目的，你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才适合使用
clustsize才是用来统计簇的尺寸和数目的

作者
Author: daydayup 时间: 2019-11-12 18:51

sobereva 发表于 2019-11-5 19:16
cluster是归簇用的，根本不能用于当前目的，你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才 ...

好的，谢谢老师，可是为什么我用cluster得到的xvg文件中，团簇个数全部是1呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-13 22:08

daydayup 发表于 2019-11-12 18:51
好的，谢谢老师，可是为什么我用cluster得到的xvg文件中，团簇个数全部是1呢？

8成是cutoff设的不合理

作者
Author: daydayup 时间: 2019-11-14 16:32

sobereva 发表于 2019-11-13 22:08
8成是cutoff设的不合理

好的，谢谢老师

作者
Author: LuckyLynn 时间: 2019-12-23 10:40

sobereva 发表于 2019-11-5 19:16
cluster是归簇用的，根本不能用于当前目的，你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才 ...

请问老师，我想算这个体系中团簇的大小，该选哪个组呢，是group 0 吗？
Select group for least squares fit and RMSD calculation:
Group    0 (       System) has 25080 elements
Group    1 (       Other) has 25010 elements
Group    2 (          C2) has 190 elements
Group    3 (          Tf2N) has 150 elements
Group    4 (          C12) has  1470 elements
Group    5 (          Cl) has 70 elements
Group    6 (          EO) has 17400 elements
Group    7 (          no3) has  5800 elements
Group    8 (          Ion) has 70 elements
Group    9 (          C2) has 190 elements
Group 10 (          Tf2N) has 150 elements
Group 11 (          C12) has  1470 elements
Group 12 (          Cl) has 70 elements
Group 13 (          EO) has 17400 elements
Group 14 (          no3) has  5800 elements
Group 15 (       System) has 25080 elements
Select a group:

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-23 18:38

LuckyLynn 发表于 2019-12-23 10:40
请问老师，我想算这个体系中团簇的大小，该选哪个组呢，是group 0 吗？
Select group for least squares ...

选对应你的团簇的组
当前体系这么混杂，体系里不只有你要研究的团簇，显然不是0

作者
Author: LuckyLynn 时间: 2020-1-2 17:56

sobereva 发表于 2019-12-23 18:38
选对应你的团簇的组
当前体系这么混杂，体系里不只有你要研究的团簇，显然不是0

谢谢，老师。老师，我还有几个问题是：在算有离子液体形成的簇大小时，我应该按分子归簇还是原子归簇呢？哪个会更好呢？那个-cutoff我需要根据RDF确定吗还是默认状态下的3.5埃米就可以呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-3 11:59

LuckyLynn 发表于 2020-1-2 17:56
谢谢，老师。老师，我还有几个问题是：在算有离子液体形成的簇大小时，我应该按分子归簇还是原子归簇呢？ ...

分子归簇

用默认的，发现不合适再调

没有叫“埃米”的单位

作者
Author: LuckyLynn 时间: 2020-1-3 15:25

sobereva 发表于 2020-1-3 11:59
分子归簇

用默认的，发现不合适再调

是埃，不是埃米，我弄错了。谢谢老师。我使用命令：gmx_mpi clustsize -f md4.trr -s md4.tpr -n clustsize.ndx -o csize.xpm之后产生了好多文件 clustsize.xpm/histo-clust.xvg/maxclust.xvg/avclust.xvg/csize.xpm/csizew.xpm/nclust.xvg 我该分析clustsize.xpm呢还是哪个文件呢？分析的时候还需要用到什么软件吗？比如Origin.还是其他的什么软件呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-3 18:00

LuckyLynn 发表于 2020-1-3 15:25
是埃，不是埃米，我弄错了。谢谢老师。我使用命令：gmx_mpi clustsize -f md4.trr -s md4.tpr -n clustsi ...

分析哪个看你的具体目的
gmx clustsize -h看一遍帮助就知道了

作者
Author: LuckyLynn 时间: 2020-1-3 20:46

sobereva 发表于 2020-1-3 18:00
分析哪个看你的具体目的
gmx clustsize -h看一遍帮助就知道了

非常感谢sob老师。

作者
Author: LuckyLynn 时间: 2020-1-6 12:22

sobereva 发表于 2020-1-3 18:00
分析哪个看你的具体目的
gmx clustsize -h看一遍帮助就知道了

请问老师：这里的-cut off的值有没有具体的物理意义，例如我按分子归簇，-cut off设置的值是60，代表的意思是以某一个原子或分子为中心周围60埃以内分布的另一种分子划分为一个簇吗？如果体系中的簇是由c12mimcl和h2o组成，-cutoff的值应该怎么设？是水分子中的O在c12mim+疏水链最后一个碳原子周围的径向分布函数图中的极小值吗？

作者
Author: siclin 时间: 2020-4-7 17:53

sobereva 发表于 2019-11-13 22:08
8成是cutoff设的不合理

借老师的这个回答请教一个问题
请问下，使用cluster对结构聚类的时候可以不使用rmsd作为比较结构差异的方法吗？使用别的参数作为比较不同帧之间结构差异的办法可行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-8 07:37

siclin 发表于 2020-4-7 17:53
借老师的这个回答请教一个问题
请问下，使用cluster对结构聚类的时候可以不使用rmsd作为比较结构差异的 ...

原理上可行，但是得自己改程序（其实自己写个往往更容易。诸如gromos归簇算法非常小儿科）

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