计算化学公社

标题: 用VASP计算完Metadynamics，如何提取free energy变化结果？ [打印本页]

作者
Author: 菜鸡互啄 时间: 2019-11-5 14:49
标题: 用VASP计算完Metadynamics，如何提取free energy变化结果？
本帖最后由菜鸡互啄于 2019-11-5 15:15 编辑

各位老师好，
我用vasp进行了一个metadynamics的计算，模拟金属离子配合物距离Al原子距离越来越远的free energy变化,如图1所示。计算完成后通过VMD观察结果是可以接受的，现在想得到跟图2一样的结果。那么，我该如何提取出每一步的自由能和与之对应的金属离子-Al 原子间距呢？相关的信息都保存在哪个文件中呢？
我的ICONST是 R 79 55 5，想输出的也是这两个原子的间距。
感谢大家的指点和帮助！

作者
Author: 李朋 时间: 2019-11-13 13:33
你好。关于这一点，有新的进展吗？是不是需要额外的脚本的来处理得到自由能变化呢？我看到WHAM method可以去求得自由能变化

作者
Author: 菜鸡互啄 时间: 2019-11-14 10:19

李朋发表于 2019-11-13 13:33
你好。关于这一点，有新的进展吗？是不是需要额外的脚本的来处理得到自由能变化呢？我看到WHAM method可以 ...

木有进展啊，这个帖子你是第一个回复的。。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)