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标题: 大家好，用gaussian研究乙醇苯团簇的氢键和弱相互作用选MP2合理吗 [打印本页]

作者
Author: fzmn 时间: 2015-7-28 15:14
标题: 大家好，用gaussian研究乙醇苯团簇的氢键和弱相互作用选MP2合理吗
大家好，用gaussian研究乙醇苯团簇的氢键和弱相互作用选MP2/aug-cc-pVDZ或者MP2/6-311G++(d,p）合理吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-7-28 19:46
Truhlar (做M06，M11的那个人) 在一篇文章中写过：

PBE, PBE1PBE, B3P86, MPW1K, B97-1, and BHandHLYP functionals give the best performance for hydrogen bonding.
MPWB1K, MP2, MPW1B95, MPW1K, and BHandHLYP give the best performances for charge transfer interactions
MPW3LYP, B97-1, PBE1KCIS, B98, and PBE1PBE give the best performance for dipole interactions.
MP2, B97-1, MPWB1K, PBE1KCIS, and MPW1B95 give the best performance for weak interactions.

《Benchmark Databases for Nonbonded Interactions and Their Use to Test Density Functional Theory》

不过这篇文章估计有几年的时间了，后来还有一些新方法出现，Minnesota Functionals里面也有一些处理弱相互作用比较好的

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-28 19:49
一般般，虽然可以，但不是最理想的。
比较推荐M062X/6-311G**优化（如果嫌慢，降到6-31G**也可以），然后在ORCA下用PWPB95-D3/def2-QZVPP下计算相互作用能。如果你偏向于只用高斯，那么相互作用能计算时可以用B2PLYP-D3/jul-cc-pVTZ来做（如果嫌慢，用M062X-D3/6-311+G**也可以）。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-28 19:50

liyuanhe211 发表于 2015-7-28 19:46
Truhlar (做M06，M11的那个人) 在一篇文章中写过：

PBE, PBE1PBE, B3P86, MPW1K, B97-1, and BHandHLYP ...

这个已经是老黄历了，千万别再信这些说法了

作者
Author: fzmn 时间: 2015-7-29 09:18
非常感谢sob老师！

作者
Author: fzmn 时间: 2015-7-29 10:01

sobereva 发表于 2015-7-28 19:49
一般般，虽然可以，但不是最理想的。
比较推荐M062X/6-311G**优化（如果嫌慢，降到6-31G**也可以），然后 ...

sob老师请问能量需要用counterpoise校正吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-29 10:05

fzmn 发表于 2015-7-29 10:01
sob老师请问能量需要用counterpoise校正吗？

PWPB95-D3/def2-QZVPP不要用counterpoise校正，矫正了可能反倒差
其它的如果计算量有富裕，可以做校正

作者
Author: fzmn 时间: 2015-7-29 10:16

sobereva 发表于 2015-7-29 10:05
PWPB95-D3/def2-QZVPP不要用counterpoise校正，矫正了可能反倒差
其它的如果计算量有富裕，可以做校正

非常感谢sob老师！

作者
Author: fzmn 时间: 2015-7-29 11:22

sobereva 发表于 2015-7-28 19:49
一般般，虽然可以，但不是最理想的。
比较推荐M062X/6-311G**优化（如果嫌慢，降到6-31G**也可以），然后 ...

请问sob老师频率计算也采用M062X/6-311G**？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-29 15:57

fzmn 发表于 2015-7-29 11:22
请问sob老师频率计算也采用M062X/6-311G**？

频率计算用6-31G*并考虑频率校正因子就足矣了。
不过如果你要在6-311G**下优化，频率计算也得这个基组。

作者
Author: tjuchan 时间: 2016-3-7 19:13

sobereva 发表于 2015-7-28 19:49
一般般，虽然可以，但不是最理想的。
比较推荐M062X/6-311G**优化（如果嫌慢，降到6-31G**也可以），然后 ...

您好！我想请教一下您，我研究弱相互作用（两分子作用）的话，希望后续的分析是AIM，RDG，NBO和电荷转移之类的话；那么优化在B3LYP+D3/6-311+g**下，能量在PWPB95-D3/def2-QZVPP下算的，但是老师(我们课题组之前没有人搞过这样的计算)问起，
1、你们搞这些计算所采用的什么方法基组的选取有什么依据么？
2、为什么能量用的方法比优化用的方法高那么多呢，意思是你的优化采用的方法和基组是不是特别低呢？
3、优化加了D3之后，后续分析还能采用优化方法基组下计算频率的chk文件吗？
4、高斯算的真空下的作用和实际上有溶剂的下的作用能，是一致的吗？

我准备这样回答不知道行不，但是第4个不知道怎么回答？
1、一般看文献得到适合的方法和基组，描述弱相互作用的需要采用有色散矫正的泛函比如M062X但是速度比B3LYP+D3要慢很多(我没算过，只是看网上)。
2、优化一般采用较低级别的方法和基组是处于速度和精度的考虑，更高的方法和基组下的能量计算是问了更精确的比较；
3、应该是没什么问题的，和没有加D3时候一样分析。
请问下这样行么，不知道能不能说服老师。整个课题组我算是第一个接触这些的，好难啊。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-7 21:03

tjuchan 发表于 2016-3-7 19:13
您好！我想请教一下您，我研究弱相互作用（两分子作用）的话，希望后续的分析是AIM，RDG，NBO和电荷转移 ...

1 M062X不包含色散校正，但它本身能合理描述色散作用。你用的级别没问题，是well-known能得到理想结果的，同行都懂。
2 应当说几何结构对计算级别远不如能量敏感，所以可以用低级别优化
3 可以
4 显然不同。溶剂下计算相互作用能还得把溶剂化能的变化考虑进去。

作者
Author: tjuchan 时间: 2016-3-7 21:52

sobereva 发表于 2016-3-7 21:03
1 M062X不包含色散校正，但它本身能合理描述色散作用。你用的级别没问题，是well-known能得到理想结果的 ...

非常感谢您的解答！知道接下去该怎么做了

作者
Author: tjuchan 时间: 2016-3-9 21:36

sobereva 发表于 2016-3-7 21:03
1 M062X不包含色散校正，但它本身能合理描述色散作用。你用的级别没问题，是well-known能得到理想结果的 ...

您好，在计算的过程中又遇到了些迷惑。请教一下

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-9 22:03

tjuchan 发表于 2016-3-9 21:36
您好，在计算的过程中又遇到了些迷惑。请教一下

你这种级别用PWPB95-D3/def2-QZVPP瞬间就算完了，算好几十个原子也就一两个小时的事。高斯里用B2PLYP-D3/jul-cc-pVTZ对这种体系也不会算不动。

M062X本身对于计算pi-pi作用有时不是很准，不能因为恰好-2.70更符合CCSD(T)/CBS就贸然说这个级别最合适，没准换一种构型这个级别又不如其它级别了。不知你考虑BSSE没有，若没考虑应考虑。另外你表格中前两列用的级别一样，数据却不同。

作者
Author: baimengyao 时间: 2023-3-17 16:17
老师您好，我在用MPW1B95-D3/def2QZVP计算氢键体系的分子间相互作用能时会报错“R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 911 IXCFnc= 0 ScaHFX= 0.310000 IDFTD=3”，输入文件的控制行是这么写的“#p MPWB95/def2QZVP empiricaldispersion=GD3 IOp(3/76=0690003100)” ，请教下您这是什么问题？但是如果去掉D3校正就可以算了。可是我的D3校正写的方式也没有错误啊~麻烦您了

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