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标题: gromacs中如何人为调节分子间的相互作用力 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2019-11-8 16:11
标题: gromacs中如何人为调节分子间的相互作用力
各位前辈好，

小弟最近在用gromacs模拟多组分自组装行为，例如体系中有两种组分，A和B，我想把A-A间的相互作用调整为一半，而不改变A-B间的相互作用大小，

或者是关闭A-A之间的静电/范德华相互作用，而不关闭A-B间的静电/范德华相互作用，请问应该怎么实现呢？

小弟拜谢。

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-11-8 19:00
charmm力场里面的nbfix项可以单独修改AA间的作用力

作者
Author: mol 时间: 2019-11-8 21:09

fhh2626 发表于 2019-11-8 19:00
charmm力场里面的nbfix项可以单独修改AA间的作用力

小弟目前用的是gromos，不知前辈知道在gromos力场或者amber力场下如何实现吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-11 11:02
“关闭A-A之间的静电/范德华相互作用”设置energygrp-excl为A A就可以，但如果你是指只关掉静电或者只关掉范德华，那就得在拓扑文件上做文章了

作者
Author: mol 时间: 2019-11-11 13:40

sobereva 发表于 2019-11-11 11:02
“关闭A-A之间的静电/范德华相互作用”设置energygrp-excl为A A就可以，但如果你是指只关掉静电或者只关掉 ...

多谢sob老师，我打算分别关闭静电、和范德华，考察对体系的影响。

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