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标题: GROMACS将原子质量识别为电荷的问题求助 [打印本页]

作者
Author:
naoki    时间: 2019-11-10 14:20
标题: GROMACS将原子质量识别为电荷的问题求助
本帖最后由 naoki 于 2019-11-10 14:20 编辑

我之前帖子里那个交联聚合物用x2top生成top文件之后,我用UE列模式下改了电荷那一列,格式没改变只是数字变了,在进行能量最小化时发现程序提示我这个体系总电荷为85121.213740。我加了一下top里[ atoms ]下的电荷不到1,加了下所有原子的质量,发现就是程序提示的总电荷数。。。我对比其他以前用其它工具生成的没这个问题的itp,发现格式上也没什么区别。不知道怎么回事了来请教下各位。。。附件是top文件
程序提示:
NOTE 1 [file mpdpa1108.top, line 65702]:
  System has non-zero total charge: 85121.213740
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.
(, 下载次数 Times of downloads: 18)
作者
Author:
liuyuje714    时间: 2019-11-11 00:07
明显就少了一列残基名
作者
Author:
naoki    时间: 2019-11-11 09:38
liuyuje714 发表于 2019-11-11 00:07
明显就少了一列残基名

额。。我瞎了,不好意思啊,谢谢您的帮助,加上resname就正常了




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