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标题: 推荐dlpno-steom-ccsd算激发态能量 [打印本页]

作者
Author: shalene 时间: 2019-11-10 23:21
标题: 推荐dlpno-steom-ccsd算激发态能量
作为实验为主的小组，基于省钱的目的，长期以来都用各种TDDFT筛选目标化合物。

可能是打算合成的分子都相对较大，一直以来还没有哪种TDDFT真的对实验有明显指导作用，计算的激发能和实验相比总是偏大或偏小，关键每次偏离的幅度还不相同。

社长曾说eom-ccsd好，但我的分子用高斯从来都是跑不动这个方法的。8月4.2推介了dlpno-steom-ccsd，姑且一试，结果出乎意料！

60个原子的分子，居然跑动了！！！换了几种以前合成的分子，结果和实验符合的一匹。

换成80个原子的分子，结果和实验差距不超过10nm，简直热泪盈眶。

强烈推荐各位试试。

当然，大内存、大硬盘是必须的，特别是后者。我现配了8Tssd

作者
Author: Novice 时间: 2019-11-11 09:04
这硬盘和内存望而生畏啊。。。话说80个原子的分子你给了多少资源计算的，花费了多长时间？麻烦分享下

作者
Author: shalene 时间: 2019-11-11 09:52
240G, 8core，33hr。应该都能接受的。

ssd，4T不够，8T够了

作者
Author: qinzhong605 时间: 2019-11-11 10:17

8Tssd！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-11-11 10:21
8T还是有点猛···

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-11 10:40
对比过EOM-CCSD和STEOM-CCSD的结果，有时候差异不小。这样大小体系，我还是优先考虑TD-wB2GP-PLYP

作者
Author: biogon 时间: 2019-11-11 15:11
8T够夸张了，不过不能多给点核心吗

作者
Author: shalene 时间: 2019-11-11 21:38

biogon 发表于 2019-11-11 15:11
8T够夸张了，不过不能多给点核心吗

内存不够。瓶颈还是在硬盘IO上

作者
Author: biogon 时间: 2019-11-11 22:22

shalene 发表于 2019-11-11 21:38
内存不够。瓶颈还是在硬盘IO上

openmpi并行太坑了，简直是吃内存无底洞，不是NVME的SSD？

作者
Author: solvation 时间: 2020-12-14 12:51
我试了几回，15个原子的有机小分子，直接内存爆了，自动退出了。我的服务器双路CPU，XEON Platinum 8173M，192G内存，1T的固态硬盘。

@shalene

作者
Author: beefly 时间: 2020-12-14 16:30
steom-ccsd比eom-ccsd多了一些三激发，适合描述电子关联比较强的体系以及电荷转移激发态。缺点是选择活性空间的迭代步骤经常不收敛导致计算中断，并且只有“active character higher than 98.0”的激发能才是可靠的。活性空间大了或者小了都可能达不到此标准

作者
Author: shalene 时间: 2020-12-17 15:34

solvation 发表于 2020-12-14 12:51
我试了几回，15个原子的有机小分子，直接内存爆了，自动退出了。我的服务器双路CPU，XEON Platinum 8173M， ...

我256G内存，最多8核并行，经常是6核。

作者
Author: shalene 时间: 2020-12-17 15:37

beefly 发表于 2020-12-14 16:30
steom-ccsd比eom-ccsd多了一些三激发，适合描述电子关联比较强的体系以及电荷转移激发态。缺点是选择活性空 ...

谢谢,目标分子确实都是CT化合物。泛函都是渣渣，包括wb2gpplyp。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-17 17:55

shalene 发表于 2020-12-17 15:37
谢谢,目标分子确实都是CT化合物。泛函都是渣渣，包括wb2gpplyp。

最近用B2PLYP算了一些CT化合物，比其他泛函还是好很多的，但是10nm级的精度还是远远达不到

作者
Author: solvation 时间: 2020-12-18 21:23

beefly 发表于 2020-12-14 16:30
steom-ccsd比eom-ccsd多了一些三激发，适合描述电子关联比较强的体系以及电荷转移激发态。缺点是选择活性空 ...

我的可能就是这个原因

；有没有可能是内存还是不够？

作者
Author: 徐秋爽1993 时间: 2021-2-3 09:21
能否分享一下你使用dlpno-steom-ccsd的输入文件

作者
Author: biogon 时间: 2021-2-3 22:28

beefly 发表于 2020-12-14 16:30
steom-ccsd比eom-ccsd多了一些三激发，适合描述电子关联比较强的体系以及电荷转移激发态。缺点是选择活性空 ...

steom-ccsd不是单参考方法吗？为什么会要活性空间

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-2-3 23:17

biogon 发表于 2021-2-3 22:28
steom-ccsd不是单参考方法吗？为什么会要活性空间

这个活性空间指的是其中的EOM-IP和EOM-EA计算需要考虑哪些轨道，和CAS的活性空间没关系

作者
Author: biogon 时间: 2021-2-3 23:26

wzkchem5 发表于 2021-2-3 23:17
这个活性空间指的是其中的EOM-IP和EOM-EA计算需要考虑哪些轨道，和CAS的活性空间没关系

看了下手册明白了

作者
Author: symbolhone 时间: 2023-3-24 16:04
老师，用dlpno-steom-ccsd计算激发态，您有试过def2-SVP吗，def2-SVP与def2-TZVP的计算量差距大不大呀，我目前初步接触并尝试dlpno-steom-ccsd的计算，分子在50-60的大小，硬盘确实有点捉襟见肘了，只有4个T的空间。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-24 16:17

symbolhone 发表于 2023-3-24 09:04
老师，用dlpno-steom-ccsd计算激发态，您有试过def2-SVP吗，def2-SVP与def2-TZVP的计算量差距大不大呀，我 ...

与其用DLPNO-STEOM-CCSD/def2-SVP，不如用双杂化泛函搭配def2-TZVP。coupled cluster级别的方法只有用至少triple zeta基组才能体现出相比其他方法的优势

作者
Author: symbolhone 时间: 2023-3-24 16:32

wzkchem5 发表于 2023-3-24 16:17
与其用DLPNO-STEOM-CCSD/def2-SVP，不如用双杂化泛函搭配def2-TZVP。coupled cluster级别的方法只有用至 ...

谢谢老师的解答，我先尝试下双杂化泛函的计算。

作者
Author: shalene 时间: 2023-3-24 18:27

symbolhone 发表于 2023-3-24 16:04
老师，用dlpno-steom-ccsd计算激发态，您有试过def2-SVP吗，def2-SVP与def2-TZVP的计算量差距大不大呀，我 ...

当然试过，差距不小。我的体系，svp的结果是515nm，tzvp是525nm。
硬盘有限的话，换成loosepno，还不行就只能双杂了。不过，我的体系，双杂没有比m062x表现好。

作者
Author: Alpharay 时间: 2025-3-12 19:04

shalene 发表于 2019-11-11 09:52
240G, 8core，33hr。应该都能接受的。

ssd，4T不够，8T够了

你好，请问这个STEOM-DLPNO-CCSD是计算单点的激发态还是跑优化呢？

作者
Author: shalene 时间: 2025-3-20 11:47

Alpharay 发表于 2025-3-12 19:04
你好，请问这个STEOM-DLPNO-CCSD是计算单点的激发态还是跑优化呢？

单点

作者
Author: Alpharay 时间: 2025-3-20 14:12

shalene 发表于 2025-3-20 11:47
单点

对于用不同的泛函优化得到的构型，在用dlpno-steom-ccsd计算单点会不会结果差距明显呢？楼主用的是什么泛函和基组？

作者
Author: shalene 时间: 2025-4-1 11:04

Alpharay 发表于 2025-3-20 14:12
对于用不同的泛函优化得到的构型，在用dlpno-steom-ccsd计算单点会不会结果差距明显呢？楼主用的是什么泛 ...

应该会有影响。我试的r2scan-3c和b3lyp，差不多

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