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标题: 【求助】写python脚本用MMPBSA计算蛋白apo和结合底物两个状态的自由能变化 [打印本页]

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Author: liyunecho 时间: 2019-11-11 09:20
标题: 【求助】写python脚本用MMPBSA计算蛋白apo和结合底物两个状态的自由能变化
本人之前做生物实验的，后来转去生物信息，对分子力学这块儿了解的特别少。老板让我自己写python脚本，去计算蛋白apo状态（没有底物结合）和结合了底物分子（holo)两个状态的自由能变化。我看了一些文献，也看了Amber的MMPBSA.py脚本，但是还是一头雾水，所以想请教一下各位以下几个问题：
1：蛋白真空和溶剂化状态到底是如何获得的？有何区别？

2：我采集了蛋白apo和holo两个状态的蛋白构象（用Gromacs）获得了ndx文件、xtc文件、还有各个构象的pdb文件。想请教一下我如果要计算MMPBSA的话，需要从这些文件中提取哪些参数，如何利用这些文件，或者我还缺少哪些参数？

以上问题我也查了好久一直没有结果，希望各位可以帮助解答，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-11 10:31
1 看你是否考虑溶剂模型，一般用GBSA和PBSA

2 gromacs没法直接做MMPBSA，有第三方的g_mmpbsa和GMXPBSA可以用。要么转换成amber格式用amber的MMPBSA跑

作者
Author: liyunecho 时间: 2019-11-11 10:43

sobereva 发表于 2019-11-11 10:31
1 看你是否考虑溶剂模型，一般用GBSA和PBSA

2 gromacs没法直接做MMPBSA，有第三方的g_mmpbsa和GMXPBSA可 ...

谢谢老师！
还想请问一下老师，老板要我用python脚本计算mmpbsa这个可以实现吗？
用脚本分别计算MM，极性部分，非极性部分。如果可以计算的话，我手里的ndx,xtc文件中的参数可以使用吗？
非常感谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-11 11:24

liyunecho 发表于 2019-11-11 10:43
谢谢老师！
还想请问一下老师，老板要我用python脚本计算mmpbsa这个可以实现吗？
用脚本分别计算MM，极 ...

都有现成的，干嘛自己写？自己写而且没经验的话，至少先把现成的代码用一用，有感觉了，这样自己写也容易得多

作者
Author: liyunecho 时间: 2019-11-11 12:31

sobereva 发表于 2019-11-11 11:24
都有现成的，干嘛自己写？自己写而且没经验的话，至少先把现成的代码用一用，有感觉了，这样自己写也容易 ...

好的，谢谢您！
我再去了解一下。

作者
Author: a815648905 时间: 2019-12-18 09:34

sobereva 发表于 2019-11-11 11:24
都有现成的，干嘛自己写？自己写而且没经验的话，至少先把现成的代码用一用，有感觉了，这样自己写也容易 ...

你好，老师一些我们常用的python脚本去哪里找

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-19 18:06

a815648905 发表于 2019-12-18 09:34
你好，老师一些我们常用的python脚本去哪里找

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