计算化学公社

标题: 求助：如何在lammps下建立一个长满刺的球的模型（用于DPD模拟） [打印本页]

作者
Author: tony283 时间: 2019-11-12 15:03
标题: 求助：如何在lammps下建立一个长满刺的球的模型（用于DPD模拟）
本帖最后由 tony283 于 2019-11-12 16:31 编辑

如题。lammps本身的命令组合好像不支持生成这种结构，自己写data文件也没有太好的思路，有没有哪位老师能给一点建模上的思路或者建议？（包括推荐用于建模的软件或者编程上的思路）
大致的形状如图，刺是圆柱的。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2019-11-12 15:57
本帖最后由 Lacrimosa 于 2019-11-12 16:02 编辑

你的图好像有点问题。
Lammps应该是没有自带的建模工具的。一般可以先用MS、Gview等工具画出结构，然后用VMD的TopoTools获取Data文件，可参照http://bbs.keinsci.com/thread-4753-1-1.html；还可以把体系拆成几个小片段，画出结构，导出坐标后把每个小片段写成lt文件，最后用moltemplate拼接起来。
以上只是自己尝试过的方法，欢迎大佬们指导

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-12 16:18
注意正确上传图片，仔细看置顶的新社员必读贴，不要直接外链

作者
Author: tony283 时间: 2019-11-12 16:21
感谢各位的解答，下次发帖一定注意。

作者
Author: xp47 时间: 2020-3-13 13:49
可以用3D模型文件导入到atomsk中切割

作者
Author: kangxu4 时间: 2020-8-17 20:49
packmol应该可以

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)