计算化学公社

标题: pyscf三个输入问题求助 [打印本页]

作者
Author: 最爱喵星人 时间: 2019-11-14 15:52
标题: pyscf三个输入问题求助
不好意思请问几个pyscf的输入问题

1 怎么进行并行计算？
我尝试misc.num_threads(n=4) 但是top后依然只有一个python线程在运行

2怎么打印分子轨道
我让verbose等于9了依然没有打印出分子轨道的信息

3怎么旋转两个轨道？

谢谢帮助

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-11-14 22:48
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-11-14 22:52 编辑

1.PySCF默认使用全部CPU cores（超线程开了之后也会被用）。当然，不是所有步骤都是并行的，有些简单的步骤的串行的。这跟高斯一样，虽然你只有一个进程，但是是400%在跑。

2.“怎么打印分子轨道”看examples/tools目录下有例子，可以把系数直接打印出来，也可以输出为molden文件。

3.这都是Python了，不是像高斯那样写alter关键词，而是直接在.py输入文件里写如下类似的语句即可
mo = mf.mo_coeff[:,18].copy()
mf.mo_coeff[:,18] = mf.mo_coeff[:,20].copy()
mf.mo_coeff[:,20] = mo.copy()
（我是Python渣，可能还有更优美的方式）

作者
Author: wangxubo 时间: 2019-11-15 03:27
如果你旋转轨道的目的是为了做casscf的话，可以看有关sort_mo的例子。

作者
Author: 最爱喵星人 时间: 2019-11-15 07:50
好的谢谢楼上的帮助

作者
Author: 最爱喵星人 时间: 2019-11-15 09:52
本帖最后由最爱喵星人于 2019-11-15 10:59 编辑

zjxitcc 发表于 2019-11-14 22:48
1.PySCF默认使用全部CPU cores（超线程开了之后也会被用）。当然，不是所有步骤都是并行的，有些简单的步骤 ...

作者
Author: cheng1234 时间: 2024-5-13 17:30

zjxitcc 发表于 2019-11-14 22:48
1.PySCF默认使用全部CPU cores（超线程开了之后也会被用）。当然，不是所有步骤都是并行的，有些简单的步骤 ...

老师您好！我想用pyscf计算能量和力，请问pyscf的关键词是哪个？我看了手册关于Self-consistent field (SCF) methods和Density functional theory (DFT)部分都没有找到对应Gaussian的force的关键词，麻烦老师指点一二！谢谢您！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-5-13 17:34

cheng1234 发表于 2024-5-13 17:30
老师您好！我想用pyscf计算能量和力，请问pyscf的关键词是哪个？我看了手册关于Self-consistent field (S ...

pyscf-2.5.0/examples/grad/有大批示例文件

作者
Author: cheng1234 时间: 2024-5-13 18:04

zjxitcc 发表于 2024-5-13 17:34
pyscf-2.5.0/examples/grad/有大批示例文件

好的老师，我去找找，谢谢您！

作者
Author: cheng1234 时间: 2024-5-17 15:19

zjxitcc 发表于 2024-5-13 17:34
pyscf-2.5.0/examples/grad/有大批示例文件

老师不好意思再次打扰您！我想用pyscf计算极化率，但我发现pyscf似乎是用外接的siesta计算，麻烦问一下您pyscf是只能用外接的路径计算吗？有没有其他的方式？望您指点一二！再次感谢您！

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2024-5-17 15:27

cheng1234 发表于 2024-5-17 15:19
老师不好意思再次打扰您！我想用pyscf计算极化率，但我发现pyscf似乎是用外接的siesta计算，麻烦问一下您 ...

没这种说法。

安装pyscf-properties可以直接计算极化率。

作者
Author: cheng1234 时间: 2024-5-17 16:02

hebrewsnabla 发表于 2024-5-17 15:27
没这种说法。

安装pyscf-properties可以直接计算极化率。

已经装上了，谢谢老师指点！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)