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标题: 优化短肽的时候，键总是断开重组？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-14 16:52
标题: 优化短肽的时候，键总是断开重组？
AM1或者B3lyp/3-21g初步优化四个氨基酸构成的短肽，键总是从氨基或者羧基连接的地方断裂，然后重组，构型完全乱了。甚至一个氨基酸能断成两节，这显然不符合实际，请问：如何优化才能使结构完整而合理？

谢谢！

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2019-11-14 17:42
初步优化？试试PM7？

作者
Author: Frank 时间: 2019-11-14 18:11
半经验对类似体系可能有问题，我最近在用PM6-DH+优化一个peptide相关体系时也发生发了断键，用力场先优化下应该有帮助。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-15 00:27
AM1做预优化没有意义，太糙
图快建议用xtb，至少也用半经验里最新的PM7再试
另外注意溶剂模型、质子化态的考虑

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