计算化学公社

标题: 求助，使用grompp命令时，出现了以下错误 [打印本页]

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Author: Emma_Zzz 时间: 2019-11-14 20:27
标题: 求助，使用grompp命令时，出现了以下错误
gromacs运行grompp出现：
WARNING 1 [file em.mdp]:
  The sum of the two largest charge group radii (2.100991) is larger than rlist (1.000000)
请问具体是哪里有问题，应该怎么修改啊？
这是我的em.mdp文件：
title             =  fws
cpp                =  /usr/bin/cpp
define             =  -DFLEX_SPC
constraints       =  none
integrator       =  steep
dt                =  0.002 ; ps !
nsteps             =  5000
nstlist          =  10
ns_type          =  grid
rlist             =  1.0
coulombtype       =  PME
rcoulomb          =  1.0
vdwtype          =  cut-off
rvdw             =  1.4
fourierspacing =  0.12
fourier_nx =  0
fourier_ny =  0
fourier_nz =  0
pme_order =  6
ewald_rtol =  1e-5
optimize_fft =  yes
;
;    Energy minimizing stuff
;
emtol             =  1000.0
emstep             =  0.01

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-15 00:08
写上cutoff-scheme=verlet再试

作者
Author: Emma_Zzz 时间: 2019-11-15 09:46

sobereva 发表于 2019-11-15 00:08
写上cutoff-scheme=verlet再试

谢谢sob老师！
在写上cutoff-scheme=verlet，并将rvdw 也设定为1.0后，未出现报错。
想问一下老师，选择verlet截断会对体系或者后续能量计算有什么影响吗，会有区别吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-16 13:11

Emma_Zzz 发表于 2019-11-15 09:46
谢谢sob老师！
在写上cutoff-scheme=verlet，并将rvdw 也设定为1.0后，未出现报错。
想问一下老师，选 ...

用groups方式构建邻居列表时，如果charge group太大则没有实际价值，提示里也已经写了。
现在一律应当用verlet

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Author: Emma_Zzz 时间: 2019-11-18 11:08

sobereva 发表于 2019-11-16 13:11
用groups方式构建邻居列表时，如果charge group太大则没有实际价值，提示里也已经写了。
现在一律应当用 ...

好的，谢谢sob老师！

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