计算化学公社

标题: 求助Velocity-rescale热浴方法理解 [打印本页]

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2019-11-15 09:50
标题: 求助Velocity-rescale热浴方法理解
在JCP，126,014101（2007）中提出的Velocity-rescale热浴方法是否可以用于周期性体系？原文献中提到：
Hamilton’s equations sample a phase-space surface with fixed center of mass and, for nonperiodic systems, zero angular momentum. Since the rescaling procedure does not change these quantities, our algorithm samples only the corresponding slice of the canonical ensemble. We shall neglect this latter effect here and in the following as we have implicitly done in Eq. 3

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-11-15 09:58
这是目前最好得热浴，当然可以用于周期性体系

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-15 11:09
v-rescale是现在gmx里最常用的热浴，gmx也主要是跑周期性体系的，显然能用

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2019-11-15 12:10

sobereva 发表于 2019-11-15 11:09
v-rescale是现在gmx里最常用的热浴，gmx也主要是跑周期性体系的，显然能用

请问老师，那原文献中提到的这个问题怎么理解呢？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-11-15 17:42

少年爱吃地三鲜发表于 2019-11-15 09:58
这是目前最好得热浴，当然可以用于周期性体系

说V-rescale是最好的热欲Langevin dynamics表示不服，V-rescale弄出来的都不是严格意义上正确的ensamble。

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2019-11-15 18:06

wuzhiyi 发表于 2019-11-15 17:42
说V-rescale是最好的热欲Langevin dynamics表示不服，V-rescale弄出来的都不是严格意义上正确的ensamble ...

您好，严格意义上正确的ensamble，是指的Nose-hoover这类的不直接对粒子速度进行调整的控温方法吗？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-11-15 19:16

wuzhiyi 发表于 2019-11-15 17:42
说V-rescale是最好的热欲Langevin dynamics表示不服，V-rescale弄出来的都不是严格意义上正确的ensamble ...

可否赐教您得见解呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-16 13:07
v-rescale一些原理上的不严格，在实际模拟中基本表现不出来
甚至在原理上被广为诟病的berendsen热浴，只要恰当设置控温组，对于粒子数多的情况也并不体现出什么明显问题

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-11-17 02:14

zc_charles_li 发表于 2019-11-15 18:06
您好，严格意义上正确的ensamble，是指的Nose-hoover这类的不直接对粒子速度进行调整的控温方法吗？

Nose-hoover挺好不过真要追求正确的ensamble直接用Langevin dynamics啊。。不然正如社长说的，实际使用一般没太大区别。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-11-17 02:15

少年爱吃地三鲜发表于 2019-11-15 19:16
可否赐教您得见解呢？

一两句话又说不清
你可以看看https://onlinelibrary.wiley.com/ ... JCC4%3E3.0.CO%3B2-S
还有follow up
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b00446

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-17 15:30
Nose-hoover那东西容易震荡，在原理上还有非遍历性问题，另外对于预平衡和产生相之间还得切换热浴，等于刚切换后又不是完全平衡的状态，所以我建议从头到尾一直用v-rescale

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