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标题: 利用ligpargen建立了opls力场的模型，为什么力场参数是opls_800等开始的？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2019-11-15 17:12
标题: 利用ligpargen建立了opls力场的模型，为什么力场参数是opls_800等开始的？
利用ligpargen建立了opls力场的模型，为什么力场参数是opls_800等开始的？

作者
Author: naoki 时间: 2019-11-15 21:14
因为ligpargen会构建完整的参数文件，而不使用自带opls-aa力场的参数。自带opls-aa力场缺800段的参数，所以800开始就不和自带力场的原子命名冲突了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-16 12:38
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“LigParGen”改了，以后务必注意，下次将扣分处理。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2019-11-16 15:30

naoki 发表于 2019-11-15 21:14
因为ligpargen会构建完整的参数文件，而不使用自带opls-aa力场的参数。自带opls-aa力场缺800段的参数，所以 ...

您好，可以详细的解释下吗？我没有太明白，我用乙烷去尝试，也是从800开始；除此之外，如果我用到gromacs去模拟，这样这些原子类型不就不能识别了吗？

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2019-11-16 15:47

sobereva 发表于 2019-11-16 12:38
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具 ...

好的，谢谢社长

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-17 14:31

努力向上的boy 发表于 2019-11-16 15:30
您好，可以详细的解释下吗？我没有太明白，我用乙烷去尝试，也是从800开始；除此之外，如果我用到gromacs ...

打开得到的top你会看到，ligpargen给的文件里已经自带了参数信息了，包括其中涉及的原子类型的定义。把此文件include到主top文件里，再把[ atomtypes ]合并到opls-AA力场目录下的ffnonbonded.itp就可以用了

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2019-11-19 10:26

sobereva 发表于 2019-11-17 14:31
打开得到的top你会看到，ligpargen给的文件里已经自带了参数信息了，包括其中涉及的原子类型的定义。把此 ...

好的，谢谢会长。

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