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标题: 求助在gromacs模拟的过程中要限制某几组原子之间的距离 [打印本页]
作者
Author: fwan1006    时间: 2019-11-16 14:48
标题: 求助在gromacs模拟的过程中要限制某几组原子之间的距离
我想在蛋白质-配体动力学模拟的过程中将配体和蛋白质之间的某组原子之间的距离限制在0.35nm之内 (, 下载次数 Times of downloads: 77)
这个前面i，j的参数是原子的序号吗，那对于蛋白质和配体不同分子上的原子我应该具体怎么设置呢？
在top文件里有受体的原子序号，两个配体各自在自己的itp文件里有自己的原子序号，这样我要怎么写这个i，j呢？它们是不是在哪有统一的序号呢？


作者
Author: wuzhiyi    时间: 2019-11-16 22:32
用intermolecular_interactions，然后写gro文件里的原子序号。
http://manual.gromacs.org/curren ... ecular_interactions
作者
Author: fwan1006    时间: 2019-11-17 13:20
本帖最后由 fwan1006 于 2019-11-17 13:57 编辑
wuzhiyi 发表于 2019-11-16 22:32
用intermolecular_interactions，然后写gro文件里的原子序号。
http://manual.gromacs.org/current/refere ...

你好，index那一列应该怎么写呢？按顺序往下写吗？还是要先make_ndx？跑的时候需要在mdp文件里写什么吗？
谢谢！！！
作者
Author: fwan1006    时间: 2019-11-17 14:06
wuzhiyi 发表于 2019-11-16 22:32
用intermolecular_interactions，然后写gro文件里的原子序号。
http://manual.gromacs.org/current/refere ...

(, 下载次数 Times of downloads: 64) 这是我写入topol文件里的，然后给体系加离子的时候报的错，
(, 下载次数 Times of downloads: 68)
是说我把距离限制加到两个不同分子的原子上了？ 可是我的目的就是限制住小分子和蛋白之间的距离，请问怎么解决呢？
谢谢！！！


作者
Author: wuzhiyi    时间: 2019-11-17 19:06
[ intermolecular_interactions ]
[distance_restraints]
然后一样写
作者
Author: fwan1006    时间: 2019-11-18 11:59
wuzhiyi 发表于 2019-11-17 19:06
[ intermolecular_interactions ]
[distance_restraints]
然后一样写

十分感谢！然后我是要在每一步需要用到的mdp文件里都加入下面这些参数对吗？
disre               = Simple
disre-weighting     = Conservative
disre-mixed         = no
disre-fc            = 1.0
disre-tau           = 0
nstdisreout         = 100

作者
Author: fwan1006    时间: 2019-11-18 12:06
wuzhiyi 发表于 2019-11-17 19:06
[ intermolecular_interactions ]
[distance_restraints]
然后一样写

两行直接写在一起吗，好像无效。这个[ intermolecular_interactions ]怎么用。。。 (, 下载次数 Times of downloads: 63) 、
(, 下载次数 Times of downloads: 61)
作者
Author: wuzhiyi    时间: 2019-11-18 21:05
不用 写 top文件最后就行
作者
Author: 15810593730    时间: 2020-7-25 15:28
wuzhiyi 发表于 2019-11-18 21:05
不用 写 top文件最后就行

参考了很多帖子，大家主要是迈不开out of bounds的问题，像您说的直接加 [ intermolecular_interactions] 后，我也遇到了楼主一样的报错，'invalid order ...'。类似地，我是想对同类型分子的不同分子进行距离限制（其实就两个溶质分子），于是我把两个溶质分子的itp文件合并 并 修改成了一个，但却又遇到了table-extention distance的问题，对于我的体系，到底如何进行距离限制呢？期待您的帮助，小生多谢。
作者
Author: wuzhiyi    时间: 2020-7-26 21:58
写在这个后面
[ molecules ]
O              2
SOL    1302        

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
2584  2088   6      2.536   1000.0
这样
作者
Author: 琦锅锅    时间: 2020-9-15 21:17
wuzhiyi 发表于 2020-7-26 21:58
写在这个后面
[ molecules ]
O              2

请问一下带有金属离子的蛋白可以用这样的方法进行限制，防止它MD时跑飞么？
作者
Author: 琦锅锅    时间: 2020-9-15 21:31
wuzhiyi 发表于 2020-7-26 21:58
写在这个后面
[ molecules ]
O              2

这是我的top文件，我不晓得应该如何进行限制，格式上书写不是很明白，希望你看到后，可以解答一下，非常感谢
作者
Author: wuzhiyi    时间: 2020-9-17 05:17
琦锅锅 发表于 2020-9-15 21:31
这是我的top文件，我不晓得应该如何进行限制，格式上书写不是很明白，希望你看到后，可以解答一下，非常 ...

这样啊
[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
Ion_chain_A2        1
targetx             1
SOL             11990
SOL             11990

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
2584  2088   6      2.536   1000.0
2584和2088换成gro文件里的id
作者
Author: 琦锅锅    时间: 2020-9-18 09:11
wuzhiyi 发表于 2020-9-17 05:17
这样啊
[ system ]
; Name

这种与【distance_restraints】效果是一样的么？ 请问bA      kA     bB      kB一般是填写什么信息
作者
Author: wuzhiyi    时间: 2020-9-19 17:49
琦锅锅 发表于 2020-9-18 09:11
这种与【distance_restraints】效果是一样的么？ 请问bA      kA     bB      kB一般是填写什么信息

bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的
作者
Author: 琦锅锅    时间: 2020-9-21 21:36
wuzhiyi 发表于 2020-9-19 17:49
bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

嗯嗯，好的，谢谢
作者
Author: 琦锅锅    时间: 2020-9-29 16:32
wuzhiyi 发表于 2020-9-19 17:49
bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

好的，非常感谢
作者
Author: Jeffrey0521    时间: 2024-1-18 15:02
新手求问，到底是disre还是dihre啊，我看手册都写的disre但是sob老师写的dihre。http://sobereva.com/10
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2024-1-19 03:45
本帖最后由 喵星大佬 于 2024-1-19 09:22 编辑
Jeffrey0521 发表于 2024-1-18 15:02
新手求问，到底是disre还是dihre啊，我看手册都写的disre但是sob老师写的dihre。http://sobereva.com/10

普通情况不要用[ distance_restrains ]去设置距离限制，直接用[ bonds ]里面函数类型6或者10去做谐振/分段的距离限制势。[ distance_restrains ]里面的距离限制是用来精修NMR解的结构用的，距离限制用的是时间平均的形式满足NOE信号的距离-6次方的期望，力常数也要在mdp里专门设置，不是正常理解的那种距离限制的形式

至于本文楼主说的那个目的，应该用pull去实现
作者
Author: Jeffrey0521    时间: 2024-1-19 15:45
喵星大佬 发表于 2024-1-19 03:45
普通情况不要用[ distance_restrains ]去设置距离限制，直接用[ bonds ]里面函数类型6或者10去做谐振/分 ...

我想限制形成氢键的两个原子之间的距离也是这样设置吗？我在mdp里写入了力常数的，所以才问是写入的disre还是dihre
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2024-1-19 15:48
Jeffrey0521 发表于 2024-1-19 15:45
我想限制形成氢键的两个原子之间的距离也是这样设置吗？我在mdp里写入了力常数的，所以才问是写入的disre ...

那个功能就不是用来做这个的，直接在[ bonds ]里面加就好
作者
Author: Newbee_Ccc    时间: 2024-4-7 09:01
琦锅锅 发表于 2020-9-29 16:32
好的，非常感谢

楼主，请问现在是否解决了？我也按照这个方式，加上了限制但是MD的时候发现还是跑飞了
作者
Author: Newbee_Ccc    时间: 2024-4-9 10:22
wuzhiyi 发表于 2020-9-19 17:49
bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

您好！我参考了您那建议在top文件中加了这个命令，

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
4562  4576   6      2.536   1000.0
4514  4575   6      4.210   1000.0
随后又在mdp文件中加入了如下命令，
disre                    = Simple
; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal

disre-weighting          = Conservative
; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
disre-mixed               = no
disre-fc                     = 500
disre-tau                   = 0
; Output frequency for pair distances to energy file
nstdisreout               = 100
但是当我做了短时间模拟后发现，并未限制住两个原子间的距离，能否麻烦您帮忙看看，可能是哪里出了问题呢？




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