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标题: 求助：gmx的top文件中原子名问题 [打印本页]

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Author: tjuptz 时间: 2019-11-16 23:15
标题: 求助：gmx的top文件中原子名问题
本帖最后由 tjuptz 于 2020-2-3 15:41 编辑

对于分子体系的模拟，分子内的原子名可以重复吗？我试验.gro和.itp中分子内原子重名是没问题的，itp是CGenFF产生的。而且结构文件里的原子顺序必须与itp里的顺序一致，但原子名可以不一致，忽略报警即可。但对于使用pdb2gmx，pdb中的原子顺序可以不一致，但原子名必须一致，所以rtp里一个残基内原子名不能重复，对吗？

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Author: sobereva 时间: 2019-11-17 13:51
是的，不能重复，否则就没法顺利按照rtp根据原子名进行匹配，就乱套了

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Author: tjuptz 时间: 2019-11-17 15:59

sobereva 发表于 2019-11-17 13:51
是的，不能重复，否则就没法顺利按照rtp根据原子名进行匹配，就乱套了

谢谢老师

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-11-17 17:22
本帖最后由 tjuptz 于 2019-12-1 18:35 编辑

还是建议原子名不重复并保持gro与itp的一致，有的时候比如离子，如果原子名不一致会自动采用力场中自带的原子名、残基名，这在离子晶体表面模拟中会造成麻烦。
注：发现就算把离子名改成力场自带的名称，但跑完md后程序还是会把残基名改掉，因为ions.itp里定义了离子的残基名。所以建议用group定义组或者重新定义一个离子的moleculetype。

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-12-5 22:08

sobereva 发表于 2019-11-17 13:51
是的，不能重复，否则就没法顺利按照rtp根据原子名进行匹配，就乱套了

请教老师，pdb2gmx可以根据rtp的bond关系自动生成angle proper 项，这个挺容易理解，就根据共用bond、公用angle就可以，那自动生成improper项是根据计算二面角为180度还是内部定义了一些片段比如苯环等来判定的呢？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-12-6 08:26

tjuptz 发表于 2019-12-5 22:08
请教老师，pdb2gmx可以根据rtp的bond关系自动生成angle proper 项，这个挺容易理解，就根据共用bond、公 ...

我记得不正常二面角是要通过特殊键你定义进去

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Author: tjuptz 时间: 2019-12-6 18:09

少年爱吃地三鲜发表于 2019-12-6 08:26
我记得不正常二面角是要通过特殊键你定义进去

就是自己在rtp里定义好吗？

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-12-6 20:10

tjuptz 发表于 2019-12-6 18:09
就是自己在rtp里定义好吗？

我只知道个大概，我也没遇到过需要改的异常二面角，但是我之前了解的是在 share/top/下面有个specbond.dat 文件，你进去看看了解一下，只能给你提供一个思路记住在share下的top目录里了。

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-12-6 21:02

少年爱吃地三鲜发表于 2019-12-6 20:10
我只知道个大概，我也没遇到过需要改的异常二面角，但是我之前了解的是在 share/top/下面有个specbond. ...

那个是定义诸蛋白质二硫键的

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-12-6 21:14

tjuptz 发表于 2019-12-6 21:02
那个是定义诸蛋白质二硫键的

我记得最初的时候，我看的一个教学视频里提到了我记得当时不是拿蛋白质举例的，就是定义异常二面角，也不敢瞎说，还是等sob老师的正解把

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Author: tjuptz 时间: 2019-12-7 20:40

少年爱吃地三鲜发表于 2019-12-6 21:14
我记得最初的时候，我看的一个教学视频里提到了我记得当时不是拿蛋白质举例的，就是定义异常二面角，也 ...

我看了top自带的几大力场，improper项都是在rtp里定义好的，angle和proper项可以省略。

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Author: sobereva 时间: 2019-12-8 18:54

tjuptz 发表于 2019-12-5 22:08
请教老师，pdb2gmx可以根据rtp的bond关系自动生成angle proper 项，这个挺容易理解，就根据共用bond、公 ...

improper需要在rtp里人为指定

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Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-5-28 23:52
请问pdb文件中的原子名和rtp文件中的原子名可以不一样吗（原子顺序一样的前提下）

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-5-29 12:11

哪有这么脆弱发表于 2021-5-28 23:52
请问pdb文件中的原子名和rtp文件中的原子名可以不一样吗（原子顺序一样的前提下）

不行

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Author: sobereva 时间: 2021-6-1 15:29

哪有这么脆弱发表于 2021-5-28 23:52
请问pdb文件中的原子名和rtp文件中的原子名可以不一样吗（原子顺序一样的前提下）

程序就是根据原子名来匹配的，不看顺序，当然原子名必须对应

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