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标题: NEDA可靠吗？ [打印本页]

作者
Author: 幻七熏 时间: 2015-7-29 23:05
标题: NEDA可靠吗？
Natural energy decomposition analysis貌似可以解释E(2)能量比氢键键能大的问题，E(2)主要是电荷转移能（CT)的来源。但是deformation energy项，一般能量分解都没有这项，并且正值挺大的。所以求问大神，NEDA可靠吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-30 09:42
其实没必要解释本来就不可靠的E2，用于分子间弱相互作用讨论一方面是忽略了主要成分而夸大了次要成分，另一方面从原理上也本来就不准确，
基本上不太推荐用NEDA，其它能量分解方法用起来更方便。

作者
Author: youyno 时间: 2015-7-30 12:46

sobereva 发表于 2015-7-30 09:42
其实没必要解释本来就不可靠的E2，用于分子间弱相互作用讨论一方面是忽略了主要成分而夸大了次要成分，另一 ...

GAMESS-US的LMO-DEA分析在CCSD(T)下做共价键的能量分解的精度，相比经常用的DFT下的ADF程序计算的精度那个会更好一些呢？LMO-EDA在文献中用的也并不多，以后的应用前景如何呢？

作者
Author: 幻七熏 时间: 2015-7-30 17:10

sobereva 发表于 2015-7-30 09:42
其实没必要解释本来就不可靠的E2，用于分子间弱相互作用讨论一方面是忽略了主要成分而夸大了次要成分，另一 ...

好的，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-30 18:43

youyno 发表于 2015-7-30 12:46
GAMESS-US的LMO-DEA分析在CCSD(T)下做共价键的能量分解的精度，相比经常用的DFT下的ADF程序计算的精度那 ...

其实没必要用CCSD(T)，只有分解弱相互作用的时候才有必要通过这样高级别的后HF方法得到色散能。LMOEDA里面后HF的结果对于纯共价键其实和HF是一样的。
我建议还是在DFT下做LMOEDA分解。

ADF用的是morokuma能量分解，GAMESS-US在引入LMOEDA之前支持的就是这种morokuma方法，但ADF在普适性上做了些扩展，推广到了开壳层和DFT（而GAMESS-US的morokuma是原始形式，只能对RHF来做）。后来引入的LMOEDA普适性同样很强，现在引用次数已经不少了，肯定还会越来越多的，也算是免费程序中做能量分解的首选。如果有ADF可以用ADF，主要是速度比较快，如果没买就用LMOEDA就挺好。
ADF有个特长是ETS-NOCV，这个分解方法可以把轨道相互作用能和密度差给一一对应上，这一点是个优势。

作者
Author: youyno 时间: 2015-7-30 23:31

sobereva 发表于 2015-7-30 18:43
其实没必要用CCSD(T)，只有分解弱相互作用的时候才有必要通过这样高级别的后HF方法得到色散能。LMOEDA ...

谢谢指导！用GAMESS-US在DFT下对于共价键（或者说具有共价性质的化学键）做LMO-EDA的能量分解，在选择DFT是有没有什么要注意的，或者说值得推荐的泛函？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-31 00:44

youyno 发表于 2015-7-30 23:31
谢谢指导！用GAMESS-US在DFT下对于共价键（或者说具有共价性质的化学键）做LMO-EDA的能量分解，在选择DFT ...

没有什么特殊的，常用的B3LYP就没问题

作者
Author: 琦思2007 时间: 2015-9-24 21:13

sobereva 发表于 2015-7-30 18:43
其实没必要用CCSD(T)，只有分解弱相互作用的时候才有必要通过这样高级别的后HF方法得到色散能。LMOEDA ...

老师好，GAMESS的LMODEA能量分解是不是不能用CCSD(T)做开壳层体系的计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-24 21:44

琦思2007 发表于 2015-9-24 21:13
老师好，GAMESS的LMODEA能量分解是不是不能用CCSD(T)做开壳层体系的计算呢？

原理上应该行，你可以试试。毕竟UHF能做LMOEDA，而UCCSD(T)本身也被GAMESS-US也支持，在UCCSD(T)上做LMOEDA只不过是把它的相关能当成色散作用能而已，原理上并无障碍。

作者
Author: 琦思2007 时间: 2015-9-25 09:16

sobereva 发表于 2015-9-24 21:44
原理上应该行，你可以试试。毕竟UHF能做LMOEDA，而UCCSD(T)本身也被GAMESS-US也支持，在UCCSD(T)上做LMOE ...

sob老师，我分别使用UCCSD(T)，UHF，CCSD(T)方法测试了一下，发现UHF，CCSD(T)输出的结果是一样的，UCCSD(T)直接报错了，附件如下，您帮忙给看下吧，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-25 17:42

琦思2007 发表于 2015-9-25 09:16
sob老师，我分别使用UCCSD(T)，UHF，CCSD(T)方法测试了一下，发现UHF，CCSD(T)输出的结果是一样的，UCCSD ...

是我记错了，GAMESS-US只支持RHF和ROHF的CCSD(T)，不支持UCCSD(T)。
基于ROHF试试？（此时不支持并行）

作者
Author: 琦思2007 时间: 2015-9-28 09:32
老师好，我尝试了一下，发现如果 CCTYP=CCSD(T) 写在 $CONTRL关键词下，会报错“ROHF'S CCTYP MUST BE CCSD OR CR-CCL, WITH SERIAL EXECUTION”。如果输入文件中单独列出$ccINP CCTYP=CCSD(T) $END，计算过程中会忽略CCSD(T)的计算，因为输出结果和单独ROHF得到的结果完全一样。我认为GAMESS-US中的CCTYP不支持UHF，而ROHF不能计算CCSD(T)，只能计算CCSD，对吗？那么如果我们要使用CCSD(T)方法做开壳层的LMOEDA计算该怎么办呢？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-28 21:15

琦思2007 发表于 2015-9-28 09:32
老师好，我尝试了一下，发现如果 CCTYP=CCSD(T) 写在 $CONTRL关键词下，会报错“ROHF'S CCTYP MUST BE CCSD ...

那你就用ROHF结合CR-CCL吧，或者干脆用高斯之类其它程序计算UCCSD(T)和UHF算的相互作用能的能量差，以此作为色散项，纳入LMOEDA的UHF能量分解结果。

作者
Author: 琦思2007 时间: 2015-9-28 22:08
好的，谢谢老师！

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