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标题: 求助gromacs做rdf前的分组设置 [打印本页]

作者
Author: yuying348 时间: 2019-11-18 10:26
标题: 求助gromacs做rdf前的分组设置
请教大家，体系中含有256个咪唑阳离子，如何设置可以将其中的咪唑环分为一组？进一步选择咪唑环的几何中心和其它原子做径向分布分析？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-18 11:27
如果你是指作为group加入索引文件，在make_ndx里根据原子名进行选择

而对于将咪唑的几何中心用于算rdf，通过-ref和-sel后面接gromacs的selection语句可实现，语法看手册

作者
Author: yuying348 时间: 2019-11-19 03:16

sobereva 发表于 2019-11-18 11:27
如果你是指作为group加入索引文件，在make_ndx里根据原子名进行选择

而对于将咪唑的几何中心用于算rdf， ...

谢谢。按照您的提示，成功实现了想要的目标。

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