计算化学公社

标题: Gaussian计算过程肽的电荷设置问题？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-18 10:54
标题: Gaussian计算过程肽的电荷设置问题？
请教各位一个问题，构建4个氨基酸形成的肽，但是氨基、氨基残基有8个位点质子化。理论上电荷应该是+8，但总感觉不对，因为如果蛋白质体系很大的话，岂不是质子化导致的电荷成千上万？请问遇到这种质子化的情况，应该如何设电荷数？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-18 11:18
溶液环境下计算通常考虑抗衡离子，或者靠隐式溶剂模型描述
而气相环境下不会是带电状态

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-18 12:49

sobereva 发表于 2019-11-18 11:18
溶液环境下计算通常考虑抗衡离子，或者靠隐式溶剂模型描述
而气相环境下不会是带电状态

谢谢！如果考虑到计算难度，能否把质子化的结构在气相条件优化，完成后加上溶剂进行振动分析呢？
ps. 溶剂下的振动分析能否用来做FTIR分析？

谢谢！

作者
Author: pcxlm1 时间: 2019-11-19 14:23
显然不行。氨基酸多聚体的构象和构型在气相中和液相中是有区别的，这一区别已经有大量文献报道。构型都不一样，化学键振动怎么会一样呢？

溶剂下的分析当然可以与实验结果对照，但计算不能指导实验，FTIR以实验为准。

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-19 17:44

pcxlm1 发表于 2019-11-19 14:23
显然不行。氨基酸多聚体的构象和构型在气相中和液相中是有区别的，这一区别已经有大量文献报道。构型都不一 ...

谢谢回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-20 02:00

lao7 发表于 2019-11-18 12:49
谢谢！如果考虑到计算难度，能否把质子化的结构在气相条件优化，完成后加上溶剂进行振动分析呢？
ps. 溶 ...

优化时用溶剂模型并不会增加计算难度，耗时也并不会增加特别多，带电体系一定要在溶剂模型下优化，否则结构可能和实际差老远

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-20 15:07

sobereva 发表于 2019-11-20 02:00
优化时用溶剂模型并不会增加计算难度，耗时也并不会增加特别多，带电体系一定要在溶剂模型下优化，否则结 ...

谢谢Sob回复！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)