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标题: 请问如何实现构建如图核酸—polymer系统？ [打印本页]

作者
Author: 懒蛋蛋 时间: 2019-11-18 17:46
标题: 请问如何实现构建如图核酸—polymer系统？
大家好，我是刚接触amber的小白，在文献（https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0186816）中看到构建核酸—阳离子聚合物系统的模拟，想要尝试做一下，一直没有弄明白核酸和聚合物是如何如文献中说的那样放在一起的，真诚地希望老师指点~谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-20 02:26
把聚合物、蛋白质各自的结构都准备好，手动合并成一个文件，在VMD里的VMD Main窗口里用mouse - move - molecule拖动蛋白质或聚合物到合适的相对位置，最后保存成新的结构文件就完了
没必要非得刻意强调30埃处，只要距离别太近导致有位阻作用，并且二者挨在一起就可以

作者
Author: 懒蛋蛋 时间: 2019-11-21 14:48

sobereva 发表于 2019-11-20 02:26
把聚合物、蛋白质各自的结构都准备好，手动合并成一个文件，在VMD里的VMD Main窗口里用mouse - move - mole ...

非常感谢！

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