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标题: 1000原子体系orca并行计算出错 [打印本页]

作者
Author: xiaxue 时间: 2019-11-19 14:52
标题: 1000原子体系orca并行计算出错
各位老师好！
我现在在计算一个金属团簇（总分子数1000左右），用ORCA计算的时候发现，如果用10核并行计算不会出错，如果用18核或者30核计算，并行计算的时候就会出错，具体的输入文件核出错信息见后。orca的版本4.2.0和4.2.1都用过，openmpi的版本是3.1.4。
请问这个错误该怎么解决，要重装openmpi吗。或者计算的体系太大导致不能并行太多核心？

输入文件的关键字如下，通过multiwfn软件生成的。

! wB97X-D3 def2-SV(P) def2/J RIJCOSX noautostart miniprint nopop
%maxcore 3000
%pal nprocs 30 end
%tddft
Mode sTDDFT
Ethresh 7.0
PThresh 1e-4
PTLimit 30
maxcore 3000
end
* xyz 0 1

复制代码

错误信息如下。

************************************************************
* Program running with 30 parallel MPI-processes *
* working on a common directory *
************************************************************
One Electron integrals ... done
Pre-screening matrix ... done
ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 30 /home/yan-g16/orca421/orca_gtoint_mpi Au24-2mol-sTDDFT-1.int.tmp Au24-2mol-sTDDFT-1
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run

复制代码

作者
Author: niobium 时间: 2019-11-19 15:18
1000个分子的体系？

作者
Author: xiaxue 时间: 2019-11-19 15:19

niobium 发表于 2019-11-19 15:18
1000个分子的体系？

很大的团簇，想试试看orca行不行，结果连并行都上不了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-19 15:56
1000原子做杂化泛函DFT没戏
用xtb吧

单纯对于这个问题本身，maxcore给大点，核数改小点可以试试

作者
Author: xiaxue 时间: 2019-11-19 19:12

sobereva 发表于 2019-11-19 15:56
1000原子做杂化泛函DFT没戏
用xtb吧

多谢社长！
那我换方法吧，如果用xtb或者其他半经验方法算激发态能得到定性准确的结果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-20 01:28

xiaxue 发表于 2019-11-19 19:12
多谢社长！
那我换方法吧，如果用xtb或者其他半经验方法算激发态能得到定性准确的结果吗？

xtb本身不是算激发态的，但xtb-TDA可以算激发态
你可以看看Grimme的文章，结果还不错，但是金属团簇属于挑战难度较高的体系，能否定性准确不好说。你可以先用个TDDFT也能算得动的也是由这种元素构成的团簇做个对比测试

作者
Author: xiaxue 时间: 2019-11-20 08:33

sobereva 发表于 2019-11-20 01:28
xtb本身不是算激发态的，但xtb-TDA可以算激发态
你可以看看Grimme的文章，结果还不错，但是金属团簇属于 ...

太感谢社长了，有方向了！！！

作者
Author: lao7 时间: 2019-11-20 15:18
很可能你的内存不够用！虽然可以用关键词限定内存，但是如果结构太大，Orca会调用额外的内存。算着算着就崩溃了！之前用3.*的老版本就如此，不知现在改进了没有。

作者
Author: xiaxue 时间: 2019-11-21 19:55

lao7 发表于 2019-11-20 15:18
很可能你的内存不够用！虽然可以用关键词限定内存，但是如果结构太大，Orca会调用额外的内存。算着算着就崩 ...

应该是内存不够，我后面试过用10个核，每个核10G内存，orca都报警了。
只能继续加大内存，减少核心数。

作者
Author: 熊琳 时间: 2020-7-8 11:21
一千个原子的金团簇，是带外层配体的？我也计算过类似的体系，尝试过不同的maxcore和nprocs，减小核数增大maxcore确实有效果。现在要计算更大尺寸的，金原子数超过300的团簇，现有的机器内存算不动。Sob老师说的xTB+sTDA的方法是指利用xTB先优化结构再用sTDA程序计算吧，sTDA程序对内存的控制是否会比ORCA要好一点？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-13 12:02

熊琳发表于 2020-7-8 11:21
一千个原子的金团簇，是带外层配体的？我也计算过类似的体系，尝试过不同的maxcore和nprocs，减小核数增大m ...

xtb优化，然后做sTDA-xTB，不是指基于DFT轨道做sTDA

作者
Author: 熊琳 时间: 2020-7-18 17:37

sobereva 发表于 2020-7-13 12:02
xtb优化，然后做sTDA-xTB，不是指基于DFT轨道做sTDA

原来我理解错了，之前看您文章的时候以为是先用xTB做单点得到稳定的波函数，再基于此进行sTDA计算。谢谢老师指正！尝试过用xTB优化我做的体系(配体保护金团簇)，用了--gfn 0 和1，发现优化的效果都不太好，用--gfn 2速度又太慢。不知道是不是xTB对不同体系具有不同的优化效果，或者xTB优化对哪些体系比较适用？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-19 12:43

熊琳发表于 2020-7-18 17:37
原来我理解错了，之前看您文章的时候以为是先用xTB做单点得到稳定的波函数，再基于此进行sTDA计算。谢谢 ...

GFN0-xTB的稳健程度低，杂七杂八的体系甭用这个

GFN2-xTB并不比GFN1-xTB在实际结果上强多少

目前据我所知，还没有曝光出GFN1或2对于哪类问题有已知的非常严重的问题（当然精度就那么回事）。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-19 13:39

sobereva 发表于 2020-7-19 12:43
GFN0-xTB的稳健程度低，杂七杂八的体系甭用这个

GFN2-xTB并不比GFN1-xTB在实际结果上强多少

6.3.2之前的xtb程序用gfn2优化过Pd配合物会弄出很离谱的结构，6.3.2修复了，应该是程序本身的bug

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