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标题: 批量输出分子的HOMO-LUMO信息到txt并汇总 [打印本页]

作者
Author: exity 时间: 2019-11-19 21:00
标题: 批量输出分子的HOMO-LUMO信息到txt并汇总
本帖最后由 exity 于 2019-11-19 21:02 编辑

最近一段时间在做溶剂对各个分子的HOMO、LUMO能量、以及GAP的影响，Multiwfn查看这些内容固然方便，但是每次都要复制屏幕内容再手动添加到txt或者excel有点不舒服，就自己折腾了一下，实现了以下功能（也可能Multiwfn早就有了这个功能，但是俺没好好读手册）。

1 批量处理一系列的chk或gbw文件，把对应的HOMO LUMO 等内容输出到对应名字的txt里
2 把HOMO LUMO的内容再次集中汇总到一个txt里

具体实践如下，假设Multiwfn已经写入了你的系统路径

1. 新建批处理文件1.bat，内容如下：
for /f %%i in ('dir *.fchk /b') do (
Multiwfn %%i < HOMOLUMOGAP.mf > 1.txt
rename 1.txt %%~ni_GAP.txt
)

2. 新建一个txt文本文件，改名为HOMOLUMOGAP.mf（我习惯把Multiwfn批处理步骤的txt后缀改成mf，以示区别），内容如下（对，你没看错，一个0就可以了。）：
0

3. 把计算好的fch，gbw文件和1，2两步的文件放入同一个文件夹，双击1.bat，就能得到一系列包含HOMO等信息的txt文件了（其实就是把Multiwfn查看分子的前2个屏幕输入到txt）

4. 再新建一个2.bat，内容如下
@echo off
pushd "%~dp0"
Powershell -NoProfile -Command "Get-Item -Path .\*.txt | ForEach-Object { if ([System.IO.File]::ReadAllText($_.FullName, [System.Text.Encoding]::Default) -match 'Note:(?:.*\n){2}.*') { $_.BaseName; $Matches[0]; ''; } } | Set-Content -Path .\IAMfACkINGAWESOME.txt -Encoding oem "
popd
pause
exit /b

5. 双击2.bat，就能在IAMfACkINGAWESOME里看到各个分子HOMO信息的汇总啦，看起来和下面是一样的（数据我乱改过，没用）。

PGRE_YDD_GAP
Note: Orbital 105 is HOMO, energy: -1111111 a.u. -1111111 eV
   Orbital 106 is LUMO, energy: -0.1111111 a.u. -0.1111111 eV
   HOMO-LUMO gap: 0.1111111 a.u. 11111119 eV 11111117 kJ/mol

REWAA_EtOH_GAP
Note: Orbital 105 is HOMO, energy: -1111111 a.u. 1111111 eV
   Orbital 106 is LUMO, energy: -1111111 a.u. -1111111 eV
   HOMO-LUMO gap: 1111111 a.u. 1111111 eV 1111111 kJ/mol

HRTA_H2O_GAP
Note: Orbital 105 is HOMO, energy: -11111116 a.u. -111111118 eV
   Orbital 106 is LUMO, energy: -11111111 a.u. -111111128 eV
   HOMO-LUMO gap: 11111115 a.u. 11111110 eV 111111156 kJ/mol

HJWA_MeOH_GAP
Note: Orbital 105 is HOMO, energy: -11111115 a.u. -11111110 eV
   Orbital 106 is LUMO, energy: 1111111 a.u. -11111114 eV
   HOMO-LUMO gap: 111111157 a.u. 111111156 eV 111111192 kJ/mol

PS:好吧，我承认，第二个bat俺是从“批处理之家”问来的......233333333

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2019-11-20 10:11
好~mo~ji~啊~

Linux系统下：
fs=` ls *.fchk`;for f in $fs;do ./Multiwfn $f < script.txt > $f_out.txt;done
fs=` ls *_out.txt`;for f in $fs;do grep -E 'HOMO|LUMO' $f > $f_data.txt;done

作者
Author: exity 时间: 2019-11-20 15:07

我本是个娃娃发表于 2019-11-20 10:11
好~mo~ji~啊~

Linux系统下：

还没测试，但是肯定简洁又高效

作者
Author: pan123 时间: 2023-2-23 16:12

我本是个娃娃发表于 2019-11-20 10:11
好~mo~ji~啊~

Linux系统下：

老师这个脚本script.txt是您写的吗？可以方便交流一下吗？

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