计算化学公社

标题: 求用gromacs进行REMD和HREMD教程 [打印本页]

作者
Author: neutral888 时间: 2019-11-19 21:57
标题: 求用gromacs进行REMD和HREMD教程
求用gromacs进行REMD和HREMD教程

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-19 23:40
http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD

作者
Author: neutral888 时间: 2019-11-22 19:46

sobereva 发表于 2019-11-19 23:40
http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD

官网表达的不是很清楚。所以想找一个简易教程。谢谢老师

作者
Author: vimalakirti_lee 时间: 2020-8-30 00:34

sobereva 发表于 2019-11-19 23:40
http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD

老师，参照这篇教程做完以后得到了4个轨迹和4个gro文件，然而用所给trjcat处理perl脚本得到的xvg文件以后得到的还是4个轨迹，请问是有什么要注意的吗？
我最后调用的指定是：gmx_mpii trjcat -f 1.xtc 2.xtc 3.xtc 4.xtc --demux replex_index.xvg

http://www.gromacs.org/Documenta ... raham%2C_Session_1B

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-8-30 09:09

vimalakirti_lee 发表于 2020-8-30 00:34
老师，参照这篇教程做完以后得到了4个轨迹和4个gro文件，然而用所给trjcat处理perl脚本得到的xvg文件以后 ...

等等，4个replica不应该得到四个轨迹吗?

作者
Author: vimalakirti_lee 时间: 2020-8-31 00:36

k64_cc 发表于 2020-8-30 09:09
等等，4个replica不应该得到四个轨迹吗?

想明白了，我以为最后会得到1个轨迹（全局能量最小点的轨迹），原来REMD跑完以后给出的是每个温度下的轨迹，相当于每个温度下都在附近进行模拟退火。最后用perl脚本处理完得到的是未经过交换的轨迹，相当于还原了每个分子的运动（追踪分子在不同温度下跳跃的轨迹），实现了轨迹的连续（因为追踪了同一个分子），但因为温度变化而打破了系综连续。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)