计算化学公社

标题: 重复计算一直出现类似的结果，大神看看原因是什么 [打印本页]

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-7-31 11:23
标题: 重复计算一直出现类似的结果，大神看看原因是什么
重复计算了多次，一直出现图片上的结果，但是分明出错了，看不懂什么原因，我该怎么改，才能优化出结果来？拜托各位大神们！！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-31 13:40
养成好习惯，看提示，自行寻找原因及解决方案：

convergence faillure，但我们并不知道到底是残差减小比较慢还是索性就是震荡的，在gjf文件中加上#p，就可查看SCF过程的详细信息。

之后研究这篇帖子，http://sobereva.com/61，自行解决问题。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-7-31 15:35

卡开发发发表于 2015-7-31 13:40
养成好习惯，看提示，自行寻找原因及解决方案：

convergence faillure，但我们并不知道到底是残差减小比 ...

gjf是我的输入文件啊

我能说我根本不知道SCF什么意思吗

我一直以为是我输入文件的问题，我看不懂输出文件里面那些，我又重新作图，又传上去计算了一次，还在等结果。。。。。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-31 16:37

暖玉生烟发表于 2015-7-31 15:35
gjf是我的输入文件啊我能说我根本不知道SCF什么意思吗我一直以为是我输入文件的问题，我 ...

哈哈，应该参加一下这次科音暑期的量化培训

这种情况还真的挺棘手的，不行的话把gjf传来看看。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-7-31 17:15

卡开发发发表于 2015-7-31 16:37
哈哈，应该参加一下这次科音暑期的量化培训

这种情况还真的挺棘手的，不行的话把gjf传来看看。

我有打算去，可是我在广州，暑假只有一周，还要做开题报告，跟大老板请不到假啊

我把输入文件传上去了，你看看~~但是我同时计算了40多种化合物，输入文件都是一样的，只有4个化合物出现了这种情况

你帮我看看吧~~谢谢！

作者
Author: wxy 时间: 2015-7-31 17:58
有可能是内存不足。设%mem=16GB试试。另，不清楚你要算什么，一般构象优化用6-31G(d)基组就行了，没必要加弥散。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-31 18:09
和内存没关系。

把弥散函数去掉，收敛会容易得多，在2L提到的文中已经明确说明了这点，而且去掉后计算也快得多。当前体系用弥散函数没意义。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-31 18:21

暖玉生烟发表于 2015-7-31 17:15
我有打算去，可是我在广州，暑假只有一周，还要做开题报告，跟大老板请不到假啊
我把输入文件传 ...

gview建模的时候把clean点到结构不再变化为止，SCF就能够收敛了（已测试）。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-7-31 18:44

sobereva 发表于 2015-7-31 18:09
和内存没关系。

把弥散函数去掉，收敛会容易得多，在2L提到的文中已经明确说明了这点，而且去掉后计算也 ...

因为我同时计算的40种物质需要同样的计算方法，如果去掉的话，那我其他的都要重算，更重要的是我小老板让带上的，说计算更精确

我原来用的B3LYP 6-31G 没加后面的那些小老板说计算太粗略了

后面就都加上了，不过这是第一次遇到这种不收敛的情况

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-7-31 18:46

卡开发发发表于 2015-7-31 18:21
gview建模的时候把clean点到结构不再变化为止，SCF就能够收敛了（已测试）。

我没懂你说的意思

《clean点到结构不再变化》这是什么意思

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-31 19:10
gview里面有个clean的按键（形状是刷子），在菜单下的Edit中也能找到，多点几次这个键直到你的分子结构不再变化（每点一次都会做一些微调）。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-7-31 19:18

卡开发发发表于 2015-7-31 19:10
gview里面有个clean的按键（形状是刷子），在菜单下的Edit中也能找到，多点几次这个键直到你的分子结构不再 ...

好的我试试三克油

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-31 20:05

暖玉生烟发表于 2015-7-31 18:44
因为我同时计算的40种物质需要同样的计算方法，如果去掉的话，那我其他的都要重算，更重要的是我小老板 ...

弥散对这种体系根本没什么意义，虽然加了能有极微小的改进，但完全划不来，还使得收敛变得困难。
你要想改进结果就用6-311G**，即升到3-zeta，而绝对不是加弥散。这样比起你用6-31+G**不仅省时，对结果改进还远远远远远远远远远远远远强于加弥散函数。

很多人总是乱用弥散函数。不需要、不该加的时候乱加弥散。

记住，加弥散函数只有这些场合有意义：弱相互作用、算偶极矩/多极矩、(超)极化率、里德堡激发态、阴离子体系、势垒计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-31 20:07

暖玉生烟发表于 2015-7-31 19:18
好的我试试三克油

clean那种做法只是十分粗糙的分子力场优化，我并不怎么建议用，有的时候你会发现clean之后结果反倒很不合理，不同基团间H-H距离过近。

虽然几何结构会影响收敛难易，但当前情况不是因为几何结构造成的不收敛，而8成是毫无意义的弥散函数捣的鬼。

如果目的只是初步快速优化一下，建议用PM6半经验方法，或者Chem3D里的MMFF94力场。

作者
Author: helpme 时间: 2015-7-31 20:21
也可以试试输入里面加 iop(5/13=1)。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-31 21:18

sobereva 发表于 2015-7-31 20:07
clean那种做法只是十分粗糙的分子力场优化，我并不怎么建议用，有的时候你会发现clean之后结果反倒很不 ...

实际上只是看到LZ的结构建立的就不合理，无论是clean还是稍高级的forcefield或是半经验方法其实都行，原则上建议半经验的方法，clean之后的结果没准还得优化大半天。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-7-31 21:49

卡开发发发表于 2015-7-31 19:10
gview里面有个clean的按键（形状是刷子），在菜单下的Edit中也能找到，多点几次这个键直到你的分子结构不再 ...

GaussView的Clean很蠢的，有的时候clean一下两个氢都给重合起来了。还不如用Chem3D的MM2 minimize，也是几秒到几十秒的事，效果好得多。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-7-31 22:29

liyuanhe211 发表于 2015-7-31 21:49
GaussView的Clean很蠢的，有的时候clean一下两个氢都给重合起来了。还不如用Chem3D的MM2 minimize，也是 ...

建模用GView并不算是好的选择，个人觉得MS要好得多（似乎暴露我是个懒人）。

结构本身很容易产生位阻的情况clean完全没用，需要些结构化学的知识预判并且做微调来手工产生初始结构，MS手工移动各个基团容易得多。

作者
Author: smutao 时间: 2015-8-1 05:02
加弥散函数只有这些场合有意义：弱相互作用、算偶极矩/多极矩、(超)极化率、里德堡激发态、阴离子体系、势垒计算。
Mark一下

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-1 05:21

sobereva 发表于 2015-7-31 20:05
弥散对这种体系根本没什么意义，虽然加了能有极微小的改进，但完全划不来，还使得收敛变得困难。
你要 ...

好像有好多文章里的有机反应的势垒计算（包括过渡金属催化的）都没有加弥散，大片的6-31G(d)。这样是不合适吗？

另外有人说带有大电负性基团的要加弥散，比如CF3，这个说法对吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-1 05:21
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-8-1 05:23 编辑

卡开发发发表于 2015-7-31 22:29
建模用GView并不算是好的选择，个人觉得MS要好得多（似乎暴露我是个懒人）。

结构本身很容易产生位阻 ...

呃~~MS是MarvinSketch？Search Results

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 11:03

sobereva 发表于 2015-7-31 20:05
弥散对这种体系根本没什么意义，虽然加了能有极微小的改进，但完全划不来，还使得收敛变得困难。
你要 ...

谢谢sob老师~~受益匪浅

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 11:08

sobereva 发表于 2015-7-31 20:07
clean那种做法只是十分粗糙的分子力场优化，我并不怎么建议用，有的时候你会发现clean之后结果反倒很不 ...

半经验方法是选择计算的方法的时候选择这个对不对？后面的内存和路径的设置用不用相应的改变还是跟DFT方法的设置一样就好？

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 11:13

helpme 发表于 2015-7-31 20:21
也可以试试输入里面加 iop(5/13=1)。

是指在输入的gjf文件中加吗？ iop(5/13=1) 加到哪里

希望这个问题没让你抓狂

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 11:14

卡开发发发表于 2015-7-31 21:18
实际上只是看到LZ的结构建立的就不合理，无论是clean还是稍高级的forcefield或是半经验方法其实都行，原 ...

我已经把clean后的传上去了

还在计算，等结果中。。。。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 11:15

liyuanhe211 发表于 2015-7-31 21:49
GaussView的Clean很蠢的，有的时候clean一下两个氢都给重合起来了。还不如用Chem3D的MM2 minimize，也是 ...

受教了！谢谢~~

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 11:17

卡开发发发表于 2015-7-31 22:29
建模用GView并不算是好的选择，个人觉得MS要好得多（似乎暴露我是个懒人）。

结构本身很容易产生位阻 ...

MS又是什么东东

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-8-1 11:30

暖玉生烟发表于 2015-8-1 11:17
MS又是什么东东

Materials Studio，如果你要建立很复杂的体系是个好的选择，小分子Gview画画就行。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-8-1 11:31

liyuanhe211 发表于 2015-8-1 05:21
呃~~MS是MarvinSketch？Search Results

Materials Studio，个人感觉建模比Gview方便得多。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 11:43

卡开发发发表于 2015-8-1 11:31
Materials Studio，个人感觉建模比Gview方便得多。

也是一个作图软件

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-1 12:27

liyuanhe211 发表于 2015-8-1 05:21
好像有好多文章里的有机反应的势垒计算（包括过渡金属催化的）都没有加弥散，大片的6-31G(d)。这样是不合 ...

弥散函数对势垒计算不是必不可少的（而有些问题比如算偶极矩，不加弥散则绝对不行），但加了弥散会令结果改进不少，所以是划算的。之前给你提到过一篇truhlar的JCTC横测势垒的文章就体现了这一点，只要加上最低程度的弥散（重原子的s,p弥散），误差就下来不少。

局部带很负电荷的地方局部应该加弥散。但是CF3这还不算，用3-zeta就够了，因为3-zeta最外层基函数已经体现出半弥散特征了，对于CF3足够描述了。但如果是比如Na2SO4这样，SO4明显带两个负电荷，那还是要加弥散。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-1 12:30
关于建模，涉及到周期性的建模无疑MS是最好的，但是小分子的建模，gview绝对是最好的，没有之一。gview建模非常强大好用，一些特征好多人没深入挖掘，比如点群的利用不是一般的方便。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-1 12:32

暖玉生烟发表于 2015-8-1 11:08
半经验方法是选择计算的方法的时候选择这个对不对？后面的内存和路径的设置用不用相应的改变还是跟DFT方 ...

对。
其它地方不用改。

作者
Author: helpme 时间: 2015-8-1 16:23

暖玉生烟发表于 2015-8-1 11:13
是指在输入的gjf文件中加吗？ iop(5/13=1) 加到哪里希望这个问题没让你抓狂

就是在命令行加。
用gview的话我不确定是在哪里加入。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 20:48

sobereva 发表于 2015-8-1 12:30
关于建模，涉及到周期性的建模无疑MS是最好的，但是小分子的建模，gview绝对是最好的，没有之一。gview建模 ...

300-500分子量属于小分子吧，Gview可以建立模型？

我只是在上面作图

用其他的软件建模的

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 20:50

helpme 发表于 2015-8-1 16:23
就是在命令行加。
用gview的话我不确定是在哪里加入。

命令行，是指传上去的时候吗？完全跟不上你们的维度

原谅我只是个计算界的渣渣

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-8-1 20:54

暖玉生烟发表于 2015-8-1 20:48
300-500分子量属于小分子吧，Gview可以建立模型？我只是在上面作图用其他的软件建模的

其实我觉得无所谓，啥程序方便就用哪个，只是技巧问题，核心还是那些理论和概念，如果能够掌握一些计算的细节当然更好。iop加在gjf文件中包含的#行。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-1 21:03

卡开发发发表于 2015-8-1 20:54
其实我觉得无所谓，啥程序方便就用哪个，只是技巧问题，核心还是那些理论和概念，如果能够掌握一些计算的 ...

# opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity 加在它的后面吗？其他的参数还要改吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-8-1 21:09
#p opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity iop
前面加个p这样能够详细显示SCF过程的信息。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-2 01:23

暖玉生烟发表于 2015-8-1 20:48
300-500分子量属于小分子吧，Gview可以建立模型？我只是在上面作图用其他的软件建模的

gview可以建
只不过这对于量化来说已经算较大体系了，建模需要些经验

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-2 01:24
先别搞那IOp
先把弥散函数去掉进行尝试
如果能收敛，最好所有体系都改用6-311G**而绝对不是6-31+G**！加弥散对计算此体系无益！

另外，什么做法能解决SCF不收敛在这里已经讨论得很详细了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

IOp(5/13=1)属于掩耳盗铃的关键词。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-2 18:35

sobereva 发表于 2015-8-1 12:27
弥散函数对势垒计算不是必不可少的（而有些问题比如算偶极矩，不加弥散则绝对不行），但加了弥散会令结果 ...

做过渡态的结构优化的时候是否也需要加上弥散？
看到一个说法是，仅对于结构优化来说，B3LYP/6-31+G(d)可以适用于包括过渡态在内的大部分计算需要，这个说法是否正确？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-2 22:56

liyuanhe211 发表于 2015-8-2 18:35
做过渡态的结构优化的时候是否也需要加上弥散？
看到一个说法是，仅对于结构优化来说，B3LYP/6-31+G(d) ...

可加可不加
弥散函数对势垒的影响远比对优化的结构的影响大得多得多，算不动就别加。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-3 08:12

卡开发发发表于 2015-8-1 21:09
#p opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity iop
前面加个p这样能够详细显示SCF过程的信息。

谢了~~

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-3 08:13

sobereva 发表于 2015-8-2 01:23
gview可以建
只不过这对于量化来说已经算较大体系了，建模需要些经验

我严重缺乏经验

严重！！！

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-3 08:21

sobereva 发表于 2015-8-2 01:24
先别搞那IOp
先把弥散函数去掉进行尝试
如果能收敛，最好所有体系都改用6-311G**而绝对不是6-31+G**！加 ...

弥散函数是指b3lyp/6-31+g(d,p) 后面括号所有的还是只指那个p，刚开始我一直以为把括号中的都去掉，换成b3lyp/6-31g，后来见他们说b3lyp/6-31+g(d）,我是把算法换成后面的还是前面的

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-3 11:57

暖玉生烟发表于 2015-8-3 08:21
弥散函数是指b3lyp/6-31+g(d,p) 后面括号所有的还是只指那个p，刚开始我一直以为把括号中的都去掉，换成b ...

显然是6-31G(d,p)

若去掉(d,p)则此基组精度糟得都根本没法用了。

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-3 14:33

sobereva 发表于 2015-8-3 11:57
显然是6-31G(d,p)

若去掉(d,p)则此基组精度糟得都根本没法用了。

就是把我原来的b3lyp/6-31+g(d,p) 换成b3lyp/6-31g(d,p) 对不对？只去掉那个加号？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-8-3 22:05
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-8-4 19:52 编辑

暖玉生烟发表于 2015-8-3 14:32
就是把我原来的b3lyp/6-31+g(d,p) 换成b3lyp/6-31g(d,p) 对不对？只去掉那个加号？

你说“弥散函数是指b3lyp/6-31+g(d,p)后面括号所有的还是只指那个p"这么最最最基础、明显是概念性的东西，能否先查一下再问？先不说任何一本书上都有，不管你是谷歌还是维基一下就能查到的东西；谷歌敲进去弥散函数的英文"Diffuse Function"，第一个出来的就是维基的词条“Basis set”，里面给你加粗显示着什么是弥散函数：

(, 下载次数 Times of downloads: 64)

还告诉你“denoted in Pople-type sets by a plus sign, +,”
再下面还有例子:

(, 下载次数 Times of downloads: 55)

查一下很难吗？

作者
Author: 暖玉生烟 时间: 2015-8-4 08:56

liyuanhe211 发表于 2015-8-3 22:05
你说“弥散函数是指b3lyp/6-31+g(d,p)后面括号所有的还是只指那个p"这么最最最基础、明显是概念性的东西 ...

在你说之前确实觉得蛮难的

作者
Author: 978142355 时间: 2015-8-26 11:48

helpme 发表于 2015-7-31 20:21
也可以试试输入里面加 iop(5/13=1)。

我记得sob老师多次强调不要用iop(5/13=1)。。。。。。。。。

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