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标题: Multiwfn寻找分子内氢键的键临界点BCP问题 [打印本页]

作者
Author: 韩同学 时间: 2019-11-21 11:11
标题: Multiwfn寻找分子内氢键的键临界点BCP问题
本帖最后由韩同学于 2019-11-21 14:09 编辑

阅读了 Exploring Natureand Predicting Strength of Hydrogen Bonds: A Correlation Analysis BetweenAtoms-in-Molecules Descriptors, Binding Energy and SAPT theory的文章，DOI号是10.1002/jcc.26068 这篇关于氢键结合能计算的文章后，想采用此方法估算分子内氢键的结合能。

在优化好的分子构型输入Multiwfn软件，根据如下过程得到了分子内氢键BCP的电子密度：

2 //拓扑分析功能

2 //从核位置搜索CP

-1 //设置CP搜索参数

9 //设置保留CP的值范围：

0,0.1 // // 搜索期间仅保留密度在0〜0.1 au（即相对较低的密度）内的CP

0 //返回

3 //从原子对的中点搜索CP

8 //生成连接（3，-3）和（3，-1）CP的路径

0 //观看结果（找到需要的BCP的编号）

然后选择图片上的return键回到主菜单

7 进入选项7 Show real space function values at specific CP or all CPs并且输入临界点的编号，就可以获知这个临界点的一切信息，包括Multiwfn支持的各种实空间函数的数值（如电子密度、拉普拉斯值、动能密度、势能密度等）和电子密度的梯度以及Hessian矩阵。

————输入临界点的编号

然后将 Density of all electrons: 部分的电子密度带入公式 ΔE≈-223.08×ρ+0.7423 计算得到的分子内氢键结合能数值范围为 -15.0 kcal/mol 到 -18.5kcal/mol 之间，超出了10.1002/jcc.26068 文献中所给个氢键结合能范围。

想请教一下，(1)计算 BCP 的电子密度方法是否正确？ (2) 算出的结合能是否可行？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-21 17:33
1 操作本身没问题
2 看具体氢键特征，没详情没法说。要注意体系必须先在合适级别下进行优化，基组也不能太次（即比我JCC文章里低太多），否则公式也不十分适用。
在最新版Multiwfn手册4.2.1节里有个通过此方法估计氢键键能的现成的例子，建议你重复一遍确认操作、数据读取无误。

作者
Author: j5888xm 时间: 2021-7-1 10:11

sobereva 发表于 2019-11-21 17:33
1 操作本身没问题
2 看具体氢键特征，没详情没法说。要注意体系必须先在合适级别下进行优化，基组也不能太 ...

求助，对于溶剂和溶质之间的氢键，可以用这种方法计算吗，还是说只能计算气相下的，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-2 02:53

j5888xm 发表于 2021-7-1 10:11
求助，对于溶剂和溶质之间的氢键，可以用这种方法计算吗，还是说只能计算气相下的，谢谢

可以

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