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标题: 请问怎么选择GROMACS的版本 [打印本页]
作者
Author: chengdi123000    时间: 2019-11-21 20:27
标题: 请问怎么选择GROMACS的版本
最近想做一个N2O的高压物性（100MPa, T = 253 - 333K)的模拟，这个力场和设定应该都挺简单的，所以想怎么快怎么来，所以想用GROMACS（我10年前玩过LAMMPS，后来转行了），但是现在版本蛮多的，最新的stable release应该是2019.4，在此想问一下我是不是应该选择这个版本，或者按照Sob大神的教程用2018版本的。看了半天release note，好像还是有一些bug修复的。

从机子情况来看，目前是一个这样的机器：
  1. $ lscpu
  2. Architecture:          x86_64
  3. CPU op-mode(s):        32-bit, 64-bit
  4. Byte Order:            Little Endian
  5. CPU(s):                20
  6. On-line CPU(s) list:   0-19
  7. Thread(s) per core:    2
  8. Core(s) per socket:    10
  9. 座：                 1
  10. NUMA 节点：         1
  11. 厂商 ID：           GenuineIntel
  12. CPU 系列：          6
  13. 型号：              85
  14. 型号名称：        Intel(R) Xeon(R) Silver 4114 CPU @ 2.20GHz
  15. 步进：              4
  16. CPU MHz：             2200.000
  17. BogoMIPS：            4400.00
  18. 虚拟化：           VT-x
  19. L1d 缓存：          32K
  20. L1i 缓存：          32K
  21. L2 缓存：           1024K
  22. L3 缓存：           14080K
  23. NUMA 节点0 CPU：    0-19
  24. Flags:                 fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 fma cx16 xtpr pdcm pcid dca sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb cat_l3 cdp_l3 intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm cqm mpx rdt_a avx512f avx512dq rdseed adx smap clflushopt clwb avx512cd avx512bw avx512vl xsaveopt xsavec xgetbv1 cqm_llc cqm_occup_llc cqm_mbm_total cqm_mbm_local dtherm ida arat pln pts
复制代码
             total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:            62G        8.4G        9.3G        299M         44G         52G
Swap:          3.0G          0B        3.0G


$ df -h
文件系统                   容量  已用  可用 已用% 挂载点
/dev/mapper/centos01-root  7.3T   46G  7.3T    1% /
devtmpfs                    32G  4.0K   32G    1% /dev
tmpfs                       32G  1.3M   32G    1% /dev/shm
tmpfs                       32G  298M   31G    1% /run
tmpfs                       32G     0   32G    0% /sys/fs/cgroup
/dev/sda3                 1014M  179M  836M   18% /boot
tmpfs                      6.3G   32K  6.3G    1% /run/user/1000
tmpfs                      6.3G     0  6.3G    0% /run/user/0

没有Cuda显卡。
作者
Author: sobereva    时间: 2019-11-21 22:12
用GPU加速就用2019
不用GPU加速2018和2019基本没区别，我更喜欢2018。因为2019砍了GB模型，开发者在某些方面很矫情，设了一些无意义的警告。
作者
Author: chengdi123000    时间: 2019-11-21 22:39
多谢Sob的指点！



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