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标题: 高斯通过pbs提交到集群问题 [打印本页]

作者
Author: Jerryluo 时间: 2019-11-21 22:59
标题: 高斯通过pbs提交到集群问题
本帖最后由 Jerryluo 于 2019-11-21 23:07 编辑

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请问高斯提交到集群上出现上面的情况应该怎么处理。以下是提交的脚本
(, 下载次数 Times of downloads: 57)

用户为test2，权限应该都没有问题：
(, 下载次数 Times of downloads: 24)

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-11-22 08:00
本帖最后由 pwzhou 于 2019-11-22 08:02 编辑

根据错误提示，就是权限问题，如果主节点没问题，那么去计算节点看看，看看两个节点的用户ID是否一致，gaussian这个group的gid在两个节点是否一致？很可能时由于计算节点的用户信息没有同步导致的。rocks集群的话在添加新用户以后有没有通过rocks sync users同步新用户信息到计算节点？

还有一点，test2是不是在gaussian这个组里，目前只看到文件夹权限，这个不能确认test2在gaussian这个组里。

作者
Author: Jerryluo 时间: 2019-11-24 22:30
本帖最后由 Jerryluo 于 2019-11-24 22:31 编辑

pwzhou 发表于 2019-11-22 08:00
根据错误提示，就是权限问题，如果主节点没问题，那么去计算节点看看，看看两个节点的用户ID是否一致，gaus ...

十分感谢您的解答。
这是计算节点的id
uid=1015(test2) gid=1019(test2) groups=1019(test2)
这是管理节点的id
uid=1015(test2) gid=1005(gaussian) groups=1005(gaussian)
应该是用户信息没有同步，对集群方面不是很了解，集群用的是PBSPro调度软件，请问应该怎样同步呢，谢谢。

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-11-25 08:30

Jerryluo 发表于 2019-11-24 22:30
十分感谢您的解答。
这是计算节点的id
uid=1015(test2) gid=1019(test2) groups=1019(test2)

不太了解你们集群的架构也不知道用户是怎么添加的，所以无法给出准确的回答。rocks集群的话，在主节点添加完用户以后，直接执行rocks sync users，即可同步，这个命令的本质就是把主节点的/etc/passwd, /etc/shadow以及/etc/group拷贝到计算节点。如果用NIS管理用户的话，就需要在主节点cd /var/yp,然后执行一下make命令同步用户。但是你这个uid相同，gid不同，还真猜不出你们是怎么添加用户的，目前一个直接的解决办法就是在计算节点用usermod命令把test2用户添加到gaussian group即可。如果可以告诉你们集群的架构，即是通过什么来管理用户的，以及你们是怎么来添加test2这个用户的，应该可以给出最佳的解决办法。

作者
Author: Jerryluo 时间: 2019-11-25 12:04
本帖最后由 Jerryluo 于 2019-11-25 12:06 编辑

pwzhou 发表于 2019-11-25 08:30
不太了解你们集群的架构也不知道用户是怎么添加的，所以无法给出准确的回答。rocks集群的话，在主节点添 ...

集群不是rocks集群，是通用架构的，集群装的时候是供应商自己写的脚本。
我就是在

计算节点用usermod命令把test2用户添加到gaussian group的。

以下是添加用户的脚本：
#add user
#GROUP=users
BASE="/share/home"
HOME="${BASE}/${1}"
useradd -d $HOME $1
#init password
echo "111111" | passwd --stdin $1
#ssh
su -c "ssh-keygen -f ~/.ssh/id_rsa -t rsa -N ''" $1
su -c "cat ~/.ssh/id_rsa.pub >~/.ssh/authorized_keys " $1
su -c "echo 'StrictHostKeyChecking no'>~/.ssh/config" $1
#update nis db
cd /var/yp && make

作者
Author: pwzhou 时间: 2019-11-25 14:10

Jerryluo 发表于 2019-11-25 12:04
集群不是rocks集群，是通用架构的，集群装的时候是供应商自己写的脚本。
我就是在计算节点用usermod命令 ...

最后这两行表示你们是用NIS管理用户的，
#update nis db
cd /var/yp && make
但是这个脚本并没有把用户添加到gaussian组，所以如果你在主节点把用户添加到gaussian组以后，还需要执行一下 cd /var/yp && make 这样才会用户的组信息同步到计算节点，所以解决办法就是在主节点再执行一下cd /var/yp && make 然后再检查一下，应该就可以了。

作者
Author: Jerryluo 时间: 2019-11-25 14:59

pwzhou 发表于 2019-11-25 14:10
最后这两行表示你们是用NIS管理用户的，
#update nis db
cd /var/yp && make

刚才试了下，终于可以了，实在是太感谢了

作者
Author: Jerryluo 时间: 2019-12-16 15:56

Jerryluo 发表于 2019-11-25 14:59
刚才试了下，终于可以了，实在是太感谢了

你好，打扰了，我在集群新增了一个队列，然后想重启一下pbs_server，先执行qterm -t quick,再执行pbs_server就报错了，请问有没有遇到过这样的问题，谢谢了。
[root@mgr wzluo]# pbs_server
Connecting to PBS dataservice...Failed to start PBS dataservice
..Failed to start PBS dataservice

之后，我尝试执行/etc/init.d/pbs restart，还是报错
[root@mgr wzluo]# /etc/init.d/pbs restart
Restarting PBS
Stopping PBS
PBS sched - was pid: 14490
PBS comm - was pid: 14392
Waiting for shutdown to complete
Starting PBS
PBS comm
/opt/pbs/sbin/pbs_comm ready (pid=34996), Proxy Name:mgr:17001, Threads:4
Creating usage database for fairshare.
PBS sched
Connecting to PBS dataservice...Failed to start PBS dataservice
..Failed to start PBS dataservice
.continuing in background.
PBS server

作者
Author: Jerryluo 时间: 2019-12-16 15:59

pwzhou 发表于 2019-11-25 14:10
最后这两行表示你们是用NIS管理用户的，
#update nis db
cd /var/yp && make

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