计算化学公社

标题: 分子模拟轨迹的重复性问题求助 [打印本页]

作者
Author: jimulation 时间: 2019-11-22 16:37
标题: 分子模拟轨迹的重复性问题求助
对于gmx执行分子模拟得到轨迹的重复性有三个疑问：
1.mdp文件中的gen-seed设为-1,执行多次grompp产生一系列tpr文件，mdrun这一系列tpr文件是不是会得到一系列不同的轨迹？2.同一个tpr文件，在同一台机器上重复多次mdrun后得到的轨迹相同吗？
3.同一个tpr文件，在不同机器上mdrun后得到的轨迹相同吗？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-23 06:46
不会相同，此文说了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

在gmx 2019手册里搜Reproducibility你就会知道怎么使得每次模拟都相同

作者
Author: jimulation 时间: 2019-11-24 14:31

sobereva 发表于 2019-11-23 06:46
不会相同，此文说了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

谢谢Sob老师的答疑，链接内容说的非常具体了。如果是第2种情形，即“同一个tpr文件，在同一台机器上重复多次mdrun”，如果硬件不出错，是不是有可能得到完全一致的轨迹呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-25 19:48

jimulation 发表于 2019-11-24 14:31
谢谢Sob老师的答疑，链接内容说的非常具体了。如果是第2种情形，即“同一个tpr文件，在同一台机器上重复 ...

显然得看用的算法有没有牵扯到随机数，有没有用并行计算，有没有用reprod选项等

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-11-25 21:25
为什么非得用一样得轨迹，多取几组数据取平均不是更加准确嘛？

作者
Author: jimulation 时间: 2019-11-26 20:31

少年爱吃地三鲜发表于 2019-11-25 21:25
为什么非得用一样得轨迹，多取几组数据取平均不是更加准确嘛？

提问是因为单纯的不懂和好奇呀

作者
Author: jimulation 时间: 2019-11-26 20:32

sobereva 发表于 2019-11-25 19:48
显然得看用的算法有没有牵扯到随机数，有没有用并行计算，有没有用reprod选项等

谢谢Sob老师

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-11-28 10:00

少年爱吃地三鲜发表于 2019-11-25 21:25
为什么非得用一样得轨迹，多取几组数据取平均不是更加准确嘛？

你好，请问我想多取几组数据取平均，是不是用“同一个tpr文件，在同一台机器上重复多次mdrun”的结果去取平均？

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