计算化学公社

标题: 大家好，新手请教一个关于模拟得到的轨迹相关问题 [打印本页]

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-11-22 17:23
标题: 大家好，新手请教一个关于模拟得到的轨迹相关问题
请问为什么我跑了30个ns得到的trr轨迹，在vmd加载时450帧左右，可我跑完70ns得到的trr轨迹，用vmd加载显示为468帧呢？（设置的是5ps输出一次坐标）

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-11-22 19:41
mdp文件贴上来阿

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-11-22 21:13

少年爱吃地三鲜发表于 2019-11-22 19:41
mdp文件贴上来阿

抱歉，才看到

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-11-22 21:18
本帖最后由 @Bruce 于 2019-11-22 21:19 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-23 06:41
看log里的信息，确保任务已经正常跑完了
并且用gmx check命令检查轨迹里到底有多少帧

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-11-23 09:13

sobereva 发表于 2019-11-23 06:41
看log里的信息，确保任务已经正常跑完了
并且用gmx check命令检查轨迹里到底有多少帧

好的，谢谢老师。
我是在任务的Log文件显示20多纳秒，以及69纳秒时，分别把trr文件处理周期性后导出到vmd中查看的

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-11-23 10:28

sobereva 发表于 2019-11-23 06:41
看log里的信息，确保任务已经正常跑完了
并且用gmx check命令检查轨迹里到底有多少帧

sob老师，这显示的有3323帧 (, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-24 00:33

@Bruce 发表于 2019-11-23 10:28
sob老师，这显示的有3323帧

理应VMD都能载入
如果才读了几百帧就停了，仔细看看VMD文本窗口的提示有无显示什么异常

作者
Author: @Bruce 时间: 2019-11-24 15:28

sobereva 发表于 2019-11-24 00:33
理应VMD都能载入
如果才读了几百帧就停了，仔细看看VMD文本窗口的提示有无显示什么异常

谢谢sob老师，已经弄好了

作者
Author: MilesYYh 时间: 2024-10-19 16:35
刚发现一个问题，准确来说应该是10000*0.002=20ps输出一次轨迹，所以最后一共有100000/20=5000 frames

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